猪流行性腹泻病毒m蛋白b细胞表位预测分析

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1、猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析：王珅，高慎阳，周铁忠，毕聪明【摘要】目的分析TGEVM蛋白的B细胞表位,为试验确定TGEVM蛋白的B细胞表位和开发TGEV重组亚单位疫苗研究奠定基础;方法以TGEVM蛋白氨基酸序列为基础,分别采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测M蛋白的二级结构，以及利用在线TMHMMServerv2.0软件分析M蛋白的跨膜区;之后，分别按Kyte-Doolittle，Emini和Jameson-蛋白的B细胞表位;结果预测结果表明,在TGEVM蛋白N端共同α-螺

2、旋区段为4个;共同的β-折叠区段分别为13个;共同的转角区域分别为7个;柔性区域为12个;M蛋跨膜区3个;结论TGEVM蛋白N端第19～43、103～109、138～155、198～205、220～228和237～257区段内或附近很可能是B细胞表位优势区域。【关键词】TGEV;M蛋白;B细胞表位Abstract:ObjectiveToidentifythepotentialBcellepitopesofMproteinofTGEVintheory,entrebinantsubunitvaccineofTGEV.MethodsThesecon

3、darystructureofMproteinofTGEVanditstransmembraneregionethodsofGarnier-Robson,Chou-Fasman,Karplus-SchulzandTMHMMServerv2.0softinoacidssequence.Andhydrophilicityplot,surfaceprobabilityplotandantigenicindexforMproteinethodsofKyte-Doolittle,EminiandJameson-sintheMproteinsNterm

4、inal,respectively.Conclusionsbinedthepreviousresults,theBcellepitopesforMproteinofTGEVinalNo.19～43,103～109，138～155，198～205，220～228andNo.237～257.　　Keyissiblegastroenteritisofsan方法即通过序列氨基酸残基的晶体结构来预测蛋白质二级结构和Karplus-Schulz方法即预测蛋白质骨架区的柔韧性，来综合预测蛋白质的二级结构,详见参考文献[5-8];利用在线TMHMMServe

5、rv2.0软件对M蛋白的跨膜区进行分析。　　1.3M蛋白的B细胞表位预测分析　　按Kyte-Doolittle的氨基酸亲水性标准(以7个氨基酸残基为一组的方案)预测M蛋白亲水性;按Emini方案预测蛋白质的表面可及性;按Jameson-蛋白的二级结构预测分析结果　　Garnier-Robson方法和Chou-Fasman方法预测的结果不尽相同(见图1),其中预测的共同α-螺旋区段为分别在TGEVM蛋白分子N端第17～24，186～192，222～225和253～262;共同的β-折叠区段为10～12，59～69，76～80，85～88，96～

6、101，107～117，123～142，157～159，167～169，177～181，206～209，214～219和233～237;共同的转角区域为31～33，35～37，43～45，56～58，70～71，143～146和152～153。Garnier-Robson方法预测的无规卷曲区域为72～74，103～105，147～151，184～185和240～242(见图1)。此外，Karplus-Schulz方法预测的柔性区域为23～28，30～39，43～46，72～74，141～145，150～154，171～176，183～185，

7、200～203，211～214，221～230和237～257(见图1)。　　利用在线TMHMMServerv2.0对TGEVM蛋白的跨膜区分析显示(见图2)：M蛋白跨膜3次，即47～69、76～98和113～135区段;而1～46和99～112区段位于膜外区，70～75和136～262区段位于膜内区。　　此外，我们对TGEV国内参考株如HN2002、TS等的M蛋白进行了如上述分析，其结果与Purdue株TGEVM蛋白的相关分析结果相近(附图略)。在综合分析上述各项预测结果的基础之上，我们初步判定TGEVM蛋白N端第19～43、103～109

8、、138～155、198～205、220～228和237～257区段是有效的B细胞表位。　　3讨论　　由于3个软件编制原理和计算方法的不同，按Garnier-Rob