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《棉花基于转录组和vigs分析的抗黄萎病通路解析和抗病相关基因发掘》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、棉花基于转录组和VIGS分析的抗黄萎病通路解析和抗病相关基因发掘1、相关定义1.1、糖苷类化合物定义、分布和分类糖苷(glycoside)亦称配糖体、苷或糖甙,由糖或糖的衍生物与另一非糖物质通过其端基碳原子联接而成的化合物。非糖物质即为甙元,又称苷元(aglycone)或者配基(genin),分子内连接糖和非糖部分的化学键即所谓的苷键,因为糖存在α与β两类不同的差向异构体,因此存在α苷和β苷的区别。糖的部分是苷的共性部分,但因苷元涵盖了基本各种类型的天然成分和(或)人工合成成分,因此在结构类型上存在巨大的差别,性质也不相同[82]。不同种类的天然药物及植
2、物中的糖苷类物质差异非常大,即便在同种天然药物和植物里,也会由于配基相同但相连的糖的种类、数量的不一样或者是糖的数量、种类相同但配基不一样使得糖苷差别很大。糖苷在生物体中存在广泛,在许多担负重要的生物学功能和具有独特良好生物学活性的植物的根、花、叶、皮和籽中发挥了重要作用。很多植物糖苷味苦、有毒,可避免动物对其侵食,以保护自身的生命安全。大多数的糖苷化合物被糖苷酶分解后,可生成消毒剂(例如苯酚)或者某些毒性物质(例如氢氰酸),如果植物遭遇到破坏;可借以保护被破坏的部分,以防病原体对其侵害。植物的籽粒里存在有扁桃苷可分解成氢氰酸,树皮内存在有苯酚糖苷可分解
3、成苯酚。糖苷也具备储糖作用,尤其籽粒内,生长到特定的时期可随着需要来释放[82]。很多植物14体花瓣以及果实显示的红、绿和紫色等,大都是因为其植物色素的花色苷作用的结果[83]。在动物机体中也有糖苷的存在,比如脑组织中的脑苷、神经组织中的神经苷脂、尿中的尿苷等。糖苷类化合物在糖和衍生物中占有不可替代的地位,并且存在于众多中草药的生物活性成分中,因此对糖苷类化合物的研究越来越多[84-86]。糖苷根据糖的组成,可分为糖匀体和糖杂体。糖匀体是均由糖组成的物质:如单糖、低聚糖、多糖等,可分为常见单糖、氨基糖、糖醇、去氧糖和糖醛酸。糖杂体是由糖与非糖组成的化合物
4、,按苷原子不同分为氧苷、氮苷、硫苷和碳苷;按苷元不同分为黄酮苷、蒽苷、香豆素、强心苷和皂苷等;按苷键不同分为醇苷、酚苷、酯苷和氰苷;按端基碳构型分α苷和β苷;按连接单糖个数分单糖苷、双糖苷和三糖苷;按糖链个数分单糖链和双糖类;按生物体内存在分原级苷和次级苷。1.2、SSR标记的定义及搜索U册丨核心丨丨’二列小r10个核r「峻的;1_
5、联小」J.:1乂■”]’被称为微i.v。.微
6、14杭州师范人‘贞位论文星是真核基因组屮中.富的多态性原件,突变率高,是由于DNA复制时聚合酶滑动y??致链错配而形成
7、83_85
8、。搜索微utniktnik/index.htm
9、l.P.里的主要程序而’Sp(http://abaiian.net/spu),是-.个C语言程序,其计算方法是递归算法,能搜索2-5个核心序列的SSR;程序MlcroSAtelliteidentificationtool(http://pgrc.ipk-uatersleben.de/misa/misa.html)Mtb搜索严格的微卫星序列,+可避免的会丢失-?些发生突变或缺失的微卫星;RepeatMasker(http://www.repeatmasker.org/)只能用于搜索2-6个碱基重复的微卫星,对其它碱基的微卫星不起作用;软件SSRLocato
10、r:http://www.urpel.tche.br/laem/fitotecnia/fitomelhoramento/faleconosco.html,不仅可在DNA序列中搜索和描述SSR,而且n丨用于弓丨物设计和模拟PCR反应。3.2SSR标记在R.solani中的应用由于测序技术的迅速发展,微卫星标记在立枯丝核菌屮被广+泛地应用。Banniza等[861用SSR-PCR研究了R.,?>/训/AG-1-IA的丨1]间菌株,获得了SSR-PCR阁谱,通过类平均法(UPGMA)聚类分析。虽然引物MR和GF聚类分析的结来相同,但是表型却完全不丨司,表明a.
11、solani的田间菌株存在很1?的多态性。ZALA等从感染水稻和玉米的AG-l-IA基因组中分离出了10个多态性的微卫M,显示来丨4于美国路易斯安那州和委内瑞拉的2个种群中,所有微卫星位点均?出了多态性且每个位点的等位基因数4-8个不等。利用这10个微卫星位点对来D于巴西和美同感染AG-1的大豆进行基因分型,位点TC06扩增长度不同,显出种特的重复长度多态性。Assis等利用10个微卫』ft比较了路场斯安那州感染水稻和人豆的AG-1-IA群体和来丨‘:丨J-Texas感染水稻的AG-1-IA群体,显示223个菌株中,发现154个多等位基W位点,然而这15
12、4个多等位基W位点在H个利I群间并yf供享;同_-地K利Hj寄:来源的群体之制遗
