进化树分析hcv基因分型

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1、如何进行丙肝基因分型HCVRNA提取、逆转录、特异性片段Core、NS5b、El等的扩增，测序在“HCV测序标准流程中”中已经阐述，本文主要从拿到测序结果到建树分型成功来阐述。1、所用到的软件BioEdit_700_070404或者sequencesscanner：分析测序结果，峰图的质量；DNAman.rar：对特异性片段比对，休整，主要用到他的拼接功能；MEGA4.rar：用于建立比对(alignment),建树分型。2、用到的参考序列包括：>D90208-1b>M58335-lb>M62321-la>

2、M67463-la>D00944-2a>AB047639-2a>D10988-2b>AB030907-2b>D50409-2c>AB03l663-2k>D17763-3a>D28917-3a>D49374-3b>D63821-3k>Y11604-4a>Y13184-5a>AF064490-5a>Y12083-6a>D84262-6b>D84263-6d>D63822-6g>D84265-6h>D84264-6k3、首选打开测序结果(本文以核心片段core为例)，分析测序结果的峰图质量，去掉测序结果中质量不理

3、想的片段，得到要分析的目的片段Al、A24、利用DNAman软件寻找参考片段：在DNAman软件中，通过“序列一一序列拼接”打开序列拼接窗口，通过添加文件将目的片段与参考序列添加。按“拼接”，显示结果。在显示出来的窗口屮，寻找与目的“片段Al、A2”对应的“参考片段B1、B2”。序列拼接拼接方法Q快速比对拼接®I厂运行时坍小化窗口充许痕迹文件中的碱基确定-完成拼接前不必比较所有序列同i性>=[90盘小重叠［40厂接近序列末端的重亜快速比对K-tuple*4桌面新建文件夹NS添文件@)-八桌重新建文件

4、夹C：DocumentsandSettingsowner桌新逹文件夹M末端比较°。文件夹©)序列机3C:DocumentsandSettings'ownerC:DocumentsandSettings'owne窗口大小

5、4空位罚分［T显不结果③)I盘小重叠

6、300r末端比较o啟序列重新排序厂便用较少内存取消C)5、将目的片段与参考片段放到txt文件中，每个序列名前加“〉”.如下图。保存为以“.fas”为后缀的格式。例如core.fas>0085徐景生TTGAGGAGTCAATTTACCAATG

7、TTGTITAGCTGCGGTAATACCCTCACATGTTiACGGAGGCTATGACTAGAATACTCAGi>0087杨昌春GGAGAGGAGATATACCAATGCTGTAAGCTTTGGCAATACAATCACTTGTTACiGGAGGCTATGACTAGAATATTCAGC>D90208-1bACCCGCTGCTTTGACTCAACGGTCACACTGCGGTTATCGCCGGTGCCGCGCAiGAGTGCGGGAACCCAGGAGGATGCGGi>M58335-1b6^在mega上比对在

8、MEGA4.exe中，选择alignmentalignmenteditor,打开一个窗口，在窗口中选择createanewalignment点“ok”后，出一对话框，选yet。在弹出的窗口中点"Data-createnew”。在通过“openretrievesequencesfromfile”打开core.faso在弹出的窗口中通过“ediJselectall”选择全部序列，并点“alignment・alignmentbyclustalw"对选定序列进行比对，按默认设定点“ok”进行比对进行。等待一段时间。

9、"data-savesession”保存，关闭窗口提示再保存，保存完后弹出窗口要求输入数据名，随便输入"a”后再保存。此吋再弹!1!窗口，"proteinnucleotidesequencedata”，点yes。再弹出窗口是“openthedatafileinmega”，点yes。7.打开数据后，可把新窗口最小化。在mega4.0的主窗口中点“phylogeny-constructphylogeny-neighborjoining”，在弹出的窗口中，substitutionmodel中选择“jukescan

10、tor”模式。点击computeo