水稻功能基因的电子克隆策略

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1、中国水稻科学%hoQadOdDEQkd{kQ?"$&&$"!7%*?2$’(F$’B$’(水稻功能基因的电子克隆策略黄骥!张红生!"#曹雅君!钱晓茵$杨金水$!南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室"江苏南京$!&&’()$复旦大学遗传学研究所"上海$&&*++)#通讯联系人",-./012%3453/678./0196:/;9<=;9>6?@AB/A<7CDE06@010>DF1D6067DEG;6>A0D6/1H<6<406I0><%JKLMNONPQRN?!!"#!$$STUVHW0"

2、XSUVHSD67-43<67"FUYZ/-:;6"[UV]0/D-C06"ZUVHW06-43;0^u%_NPQ‘aNbcdLeNf‘KNP‘KL‘ghK‘ijdadPQkONaljdKmibNOmnaoNakdmdaP"_NapQaqrqKQksbPsKNbtaQRdKOQPL"_NapQaqu^vvwx"hoQaN)yaOPQPsPd#‘gjdadPQkO"zslNataQRdKOQPL"{oNaqoNQuvv

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6、组序列框架图"使得水稻的电子克隆路线得以实施3介绍了水稻电子克隆的基本原理4应用实例4相关的生物信息资源4存在问题和展望3关键词2水稻)电子克隆)生物信息学)功能基因中图分类号2[’*+)@(!!5&+文献标识码2U文章编号2!&&!-6$!7%$&&$?&*-&$’(-&*水稻是我国重要的粮食作物"挖掘和克隆水稻登录了大量的水稻,@+数据"而且,@+每天还在功能基因是利用基因工程技术进行水稻品种改良4高速地增长"$&&$年初"我国华大公司9(:和瑞士有效利用基因资源的基础3基因克隆的传统方法主9

7、7:公布了水稻基因组的序列框架图"@C67<6A/公司要是图位克隆和转座子标签法克隆等"但这些方法因此可以利用生物信息学技术全面开展分析和鉴定操作技术复杂"成本高"实验周期长"在基因克隆中水稻功能基因3本文就水稻功能基因电子克隆的基并没有能得到非常广泛的运用3最近发展起来的本方法4相关的生物信息资源4存在的问题进行了阐.IVU差异显示技术4抑制差减杂交技术和基因表述"并对水稻电子克隆技术作了展望3达系列分析技术由于其操作相对简便4效率高"已成!水稻功能基因电子克隆的方法为功能基因克隆的重要手段"在

8、许多实验室得到应用"但其主要缺点是得到的>8VU都不是全长>9>利用?@A数据库信息>8VU"必须通过>8VU文库筛选或IUF,的方法利用,@+数据库信息进行功能基因的电子克才能获得全长>8VU"进一步用于基因的功能分析隆是目前最常用的手段"其实验流程见图!3首先选和转基因研究3择感兴趣的水稻,@+作为查询探针"搜索水稻电子克隆9!:%064010>D>1D6067?是近年来伴随着=(,@+数据库"找到部分重叠的,@+进行拼接"然基因组计划和,@+计划发展起来的基因克隆新方后再以拼接好的,@+重叠

9、群%,@+>D6A07?为新的法"它的主要原理是利用日益发展的生物信息学技查询探针"继续搜索=(,@+库"直到没有新的,@+术"借助电子计算机的巨大运算能力"通过,@+或可供拼接为止"最后根据拼接好的完整序列设计基因组的序列组装和拼接"利用I+-;FI的方法快;FI引物"通过I+-;FI的方法获得目的>8VU克速获得功能基因"具有投入低4速度快4技术要求低隆并进行序列测定验证3目前利用,@+序列拼接获和针对性强等优点3随着人类基因组计划的实施"已有研究人员利用电子克隆的方法克隆了很

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