全基因组关联分析筛查中国汉族特发性帕金森病易感基因

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1、南昌大学硕士学位论文全基因组关联分析筛查中国汉族特发性帕金森病易感基因姓名：王博申请学位级别：硕士专业：神经病学指导教师：徐仁伵201206摘要目的：利用全基因组关联分析法在中国汉族人群中筛查特发性帕金森病(SPD)关联的遗传变异，为早期识别易感者及发病机制与治疗的研究提供依据。方法：收集中国汉族SPD及健康成人临床资料及外周静脉血，分别提取DNA并行质量检测，建立DNA混合池，用HumanOmniZhonghua8芯片进行DNA混合池分型，行基因芯片扫描及全基因组关联分析，筛选SPD阳性SNPs位点并进一步分析其易感基因

2、及可能的致病通路。结果：①通过全基因组关联分析筛选出的阳性SNPs位点中共有27796个位点基因突变组间差异较基因芯片常见基因突变位点差异有显著统计意义；②验证了国内外已发现的PD易感基因PARK2和SNCAIP，其阳性位点分别为rsl2526148、rS9365352和rsl478370；③通过pathways分析发现包括ATG5、FOS、BMP2、GCLC、IGFlR、IGFBP7、TXNRD2、XKH在内的8个基因位点(rs9480677、rs6054529、rs2005292、rS6924228、rsl332940

3、8、rsl2648062、kgp3105958、kgpl313361)与衰老及自噬有关。结论：1、在中国汉族SPD人群中，验证了PD的易感基因PARK2和SNCAIP；2、与衰老及自噬通路相关的基因位点可能参与中国汉族SPD的发病机制。关键词：特发性帕金森病；全基因组关联分析；易感基因；衰老。AbstractABSTRACTObjective：ToscreenSPDassociatedSNPsinChineseHanpopulmionandindentifysusceptibilitygenes／lociforSPDbyu

4、singGWASapproach．Methods：CollecttheclinicalmaterialandperipheralvenousbloodofSPDandhealthyadults，establishtheDNApoolsthenscreentheSNPsusingHumanOmniZhouhua8chip，analysisthesusceptibilitygenesandthepossiblepathogenicpathwaybysiftingthepositiveSNPsofSPD．Results：1、27

5、796genemutationdifferencebetweenthegroupsarestatisiticallysignificantfromallthepositiveSNPslociscreened．compared、析ththecommongenemutmionsitesdifferencesofgenechip；2、positiveSNPsloci(rs12526148、rs9365352、rS1478370)werefoundverifiedthesusceptibilitygenePARK2andSNCAI

6、PofPDagain；3，thegeneloci(rs9480677lrs6054529，rS2005292，rS6924228、rsl3329408、rsl2648062，kgp3105958，kgpl313361)inATG5，FOS、BMP2、GCLC、IGF1R、IGFBP7、TXNRD2、XKHgenesareassociated、析thagingandautophagythroughpathwaysanalysis．Conclusions：1、veritythesusceptibilitygenePARK2an

7、dSNCAIPofPD；2、thegenelociofagingandautophagymaybeinvolvedinthepathogenesisofSPD．KeyWords：SporadicParkinson’Sdisease；Genome·wideassociationstudy；Susceptibilitygenes；ChineseHanpopulation．符号说明缩写英文缩写中文全名SPDSporadicParkinson’sDisease特发性帕金森病SNPSinglenucleotidepolymorphi

8、sm单核苷酸多态性GWASGenome．wideAssociationStudy全基因组关联分析ADautosomaldominant常染色体显性遗传ARautosomalreecessive常染色体隐性遗传QCQualityControl质量控制RAFRelativeAlleleFrequency等位