广东省鼠伤寒沙门菌的分子流行病学研究

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1、南方医科大学2011级硕士学位论文广东省鼠伤寒沙门菌的分子流行病学研究MolecularEpidemiologicalStudyonSalmonellaTyphimuriumStrainsinGuangdongProvincelyphimurlumrainsuanffdongIt"rovince课题来源：广东省医学科学技术研究基金(2013A074)中美新发和再发传染病合作项目(1U2GGH000018-01)学位申请人导师姓名专业名称培养类型培养层次所在学院答辩委员会主席答辩委员会委员黄燕惠俞守义教授流行病与卫生统计

2、学学术型硕士研究生公共卫生与热带医学学院陈维清教授柯昌文主任技师曾年华研究员胡贵方教授陈青山副教授2014年5月28日广州硕士学位论文广东省鼠伤寒沙门菌的分子流行病学研究硕士研究生：黄燕惠指导教师：俞守义教授陈清教授摘要研究背景食源性疾病是各种致病因子通过摄食进入人体内引起的一类感染性或中毒性疾病，每年全球仅食源性腹泻就造成几百万儿童死亡，即使在发达国家也至少有三分之一的人患食源性疾病，沙门菌(Salmonella)是主要的病原体之一。随着生产生活模式的改变，地域之间人员、食品往来、物资流通更加广泛，食品加工、供给及饮

3、食方式的多样化，每年世界范围包括我国在内都会有沙门菌引起的食源性疾病报道，所造成的公共卫生问题不容忽视，卫生经济负担逐渐引起相关部门的重视。沙门菌有2500多个血清型，其中鼠伤寒(SalmonellaentericaserovarTyphimurium，sTyphimurium)是引起人类胃肠炎或食物中毒最常见，最重要的血清型之一，寄生于人体和爬行类动物的肠道，是一种重要的人畜共患病原菌，临床主要表现为胃肠炎型、败血症等沙门菌病，由该菌引起的食源性疾病暴发在国内外经常发生，并造成重大的经济损失。广东省每年都会有鼠伤寒沙

4、门菌引起的食物中毒事件报道，腹泻暴发事件由以前的点源性集中暴发，越来越多地转变为跨地区的“散在暴发"，使污染源及传播途经的发现越来越依赖于分子分型手段的辅助及确认。目前已有比较成熟的国际通用标准化脉冲场凝胶电泳(Pulse．FieldGelElectrophoresis，PFGE)分型方案、第二代分子分型技术多位点可变数目串联重复序列分析(Multiple．10cusVariable．numbersTandemRepeatAnalysis，MLVA)以及英国华威大学公布的7个中文摘要管家基因位点的多位点序列分析(Mul

5、tipleLocusSequenceTyping，MLST)分型方法，并成功应用于多起由鼠伤寒沙门菌引起的食源性疾病暴发的溯源调查。为了建立以实验室为基础的主动监测系统，完善分子分型网络库，广东省自2009年正式启动沙门菌加强监澳U(EnhanceSalmonellaSurveillance，ESS)，对散发的腹泻患者进行监测，通过监测发现鼠伤寒沙门菌为本省非伤寒沙门菌感染性腹泻病例的优势菌型。本研究旨在广东地区开展鼠伤寒沙门菌分子分型监测研究，对2009"-'2011年ESS的鼠伤寒沙门茵临床分离株进行PFGE和ML

6、VA分子分型，以获取菌株的核酸指纹基础数据，并分析本省监测点医院腹泻病例临床分离株之间的遗传学关联性，了解其分子遗传特征，为发现鼠伤寒沙门菌可能引起的暴发提供本底发病水平，为实验室监测、鉴定溯源及防控预警提供技术支持和数据参考，科学防控鼠伤寒沙门茵所致的食源性疾病提供决策依据，提高食源性疾病的检测和防控能力。研究目的1、了解广东省2009"---2011年沙门菌加强监测系统的现状，主要分析优势血清型鼠伤寒的流行病学特征、抗生素敏感性和多重耐药的特点。一2、对三年加强监测收集的鼠伤寒沙门菌进行PFGE分型，对菌株带型的聚

7、集和分布规律进行分析，以发现带型的流行病学规律，为监测和暴发研究提供基础的分子分型数据库。3、参考PulseNet公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型标准方案，进行相关地优化，并将其应用于加强监测系统的分型分析，对MLVA型别的亲缘进化关系和分布规律进行分析，并与PFGE分型进行比较，综合评价MLVA的分型能力，以阐明该方法实际应用的价值和意义，实现简便、快速的分型技术提高实验室主动监测能力的目标。研究方法1、采用WHO推荐的改良K-B纸片扩散法对广东省2009"～2011年ESS的鼠伤寒沙门菌进行抗生素敏感性实验。根据美国

8、2012版CLSI选择12种抗生素纸片Il硕士学位论文和判读敏感性结果，最后使用WHONET5．4进行抗生素敏感性试验数据分析。菌株的流行病学资料和检测情况录入Excel2003，并将数值导入SPSS13．0软件进行统计分析，对2009～2011年加强监测系统沙门菌的阳性检出率状况，优势血清型鼠伤寒的地区、时间及人群分布特点，以及