est-ssr标记开发及莲种质资源遗传多样性分析

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1、学校代码；１０２７０分类号：Ｑ９４学号；１２２２００８５２上兽啼絶乂爹硕±学位论文ＥＳＴ－ＳＳＲ标记开发及莲种质资源遗传多样性分析学院：生命与环境科学学院专业：植物学硏究方向：植物生理与分子生物学研究生姓名；徐玉仙指导教师；田代科研究员曹建国教授完成日期：２０１５年４月硕±学位论文ＥＳＴ－Ｓ化标记开发及莲种质资源遗传多样性分析上海师范大学生命与环境科学学院二零一五年四月Ｍａｓ化ｒＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎＩＤｅｖｅｌｏｍｅｎｔｏｆＳＳＲＭａｒｋｅ

2、ｒｓａｎｄＴｈｅｉｒｐＵｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｉｎＧｅｎｅ村ｃＤｉｖｅｒｓｉｔ乂ｎａｌｓｉｓｏｆｙｙＮｅｌｕｍｂｏＣｏｌｌｅｅｏｆＬｉｆｅａｎｄＥｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔＳｃｉｅｎｃｅｓｇ，ＳｈａｎｇｈａｉＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＡｐｒｉｌ２０１５上海师范大学硕±学位论文摘要－论文题目；ＥＳＴＳＳＲ标记开发及莲种质资源遗传多样性分析学科专业：植物学学位申请人：徐玉仙指导教师：田代科研究员曹建国教授摘要一、莲又称荷花，是被子植物中起源最早的植物之，全身皆是宝

3、，集食用药一用、观赏于身。莲栽培历史悠久，品种繁多，但很多栽培品种的分类不科学、亲缘关系不清楚一些野生居，完全依靠传统的形态学很难进行准确分类；另外，。群也大多在额危处境，急需开展科学评价和有效保护虽然，近年来分子标记对一些研究－ＳＳＲ其遗传多样性及亲缘关系等进行了，但是，至今利用ＥＳＴ标记进。行莲种质资源的遗传多样性方面的报道非常有限，且标记数很少本研究Ｗ莲花ＳＳ艮８０－ＳＳＲ引物蕾转录组数据为基础进行标记开发，并利用对高多态性的ＥＳＴ对１３９份莲种质资源进行了遗传多样性分析。主要研究结果如下：１ｕｎｅｎｅ

4、ｓ－．莲花蕾转录组测序获得的６８５９３《ｉｇ为基础进行ＥＳＴ化Ｒ标记，开发，共查找到６０８６个Ｓ涨位点，分布在５４８２条ｕｎｉｇｅｎｅｓ序列上，发生频率一为８．０％；平均每隔５．７此就发现个ＳＳＲ位点，其分布频率为８．９％。在５２２６个ＳＳＲ位点（去除单碱基重复标记）中主要的重复类型为二、兰核巧酸重复，出现频率分别为６５．２％、３１．７％；其中在二核巧酸重复类型中，ＡＧ／ＣＴ是最常见重复单元，约占５７．９％，Ｈ核巧酸重复类型中最常见重复单元是ＧＡＡ／ＡＧＡ／ＡＡＧ，为１３．３％。利用ＭＩＳＡ和Ｐｒｉｍｅｒｐｒｅｍ

5、ｉｅｒ３．０平台开发了３０巧个ＳＳ民引物，并选—择合成了５７５对ＥＳＴ－Ｓ涨引物片段大小在２００２２０ｂ，经初步筛选共得到有（ｐ）一扩增产物的５１４对（８９．４％），进步筛选共得到有多态性的引物２１７对（４２．２％）。２－．通过利用从本试验开发的ＥＳＴＳ化引物中筛选出的８０对扩增稳定、高多３９态性的引物对１份荷花品种进行扩增，共扩增出２８７条多态性条带，每对引物的等位基因数为２－９个，平均３．６态性信息量（ＰＩＣ）的范围个；每对引物的多０－－．５８０．於０．７９。这表明本试验所ＥＳＴＳＳＲ；平均为筛选的引物具有

6、较高的多态。性，可Ｗ有效地用于莲种质资源的遗传多样性分析研究３ＮＴＳＹＳ２１３９．根据扩増结果利用．１１软件进行Ｊａｃｃａｒｄ相似性系数分析，份荷花材料的遗传相似系数为０－．１６０．９５通过ＵＰＧＭＡ法进行聚类分析，在遗；传相似系数为０．３９时，供试荷花材料可分为４大类群：Ｉ类群为美洲莲品种；ＩＩＩ摘要上海师范大学硕±学位论文类群包括了大部分的亚美杂交莲品种；大部分的亚洲莲品种均聚类在ｍ、ＩＶ类群中，并且亚美杂交莲品种与亚洲莲品种亲缘关相对较近，这与传统分类结果及一前人研究相致。本研究通过转录组序

7、列开发大量ＥＳＴ－ＳＳＲ标记且通过莲种质资源的遗，并传多样性的分析，了解其遗传背景及亲缘关系，为今后莲种质资源分类、品种鉴定－ＳＳ民、保护利用等奠定理论基础及提供实践参考。开发的ＥＳＴ标记将促进莲遗传图谱构建、基因定位及克隆、分子标记辅助育种及遗传多样性分析等方面研究的快速发展。－关键词：莲转录组ＥＳＴＳ涨缘关系：；；标记开发；遗传多样性；亲ＩＩＳｈａｎｇｈａｉＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔＭａｓｔｅｒｏｆＰｈｉｌｏｓｏｈｙＡｂｓｔｒａｃｔｙｐＴｈｅｓｉｓｔｏｐｉｃ；Ｄｅｖｅｌｏｍｅｎｔｏｆ

8、ＳＳ民ＭａｒｋｅｒｓａｎｄＴｈｅｉｒＵｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｉｎＧｅｎｅｔｉｃｐＤｉｖｅｒｓｉｔＡｎａｌｓｉｓｏｆＴＶｅ／謂ｙｙＰｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ