ssr标记在海带群体遗传及胞质遗传研究中的应用

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4、heUniversityofChineseAcademyofSciencesInpartialfulfillmentoftherequirementForthedegreeofDoctorofScienceInstituteofOceanology,ChineseAcademyofSciencesNovember,2015致谢转眼间已度过博士学习的第三个年头，在中国科学院海洋研究所的学习和生活令人难忘。在完成该博士论文的过程中，虽有过迷茫并遇到困难，但在亲人和朋友的鼓励和帮助下，总算顺利完成了。在此，我要向他们致以最诚挚的谢意。感谢我的导师段德麟研究员和王秀良副

5、研究员。段德麟老师对我的指导，对我的专业启发及平时的严格要求，都是我不断进步的动力。老师忘我的工作精神、严谨的治学态度都是我学习的榜样。感谢王秀良老师在实验设计、论文撰写等方面给予我的悉心指导和帮助，是王老师在实验思路和实验方法上的指导使得本论文能顺利完成，他严谨的科研态度和渊博的专业知识使我受益匪浅。感谢课题组的胡老师、姚老师在学习和生活上的关心和指导，感谢邵展茹师姐、李晶晶、徐颖婕、张杰、郭辉、张朋艳、李璐等师妹及刘若愚师弟在实验和生活中对我的关心和帮助，使得我的博士学习生活更加精彩，你们乐观向上的生活态度一直深深的感染着我，十分荣幸能与你们一起学习和生活。

6、感谢我的亲人一直以来对我的理解和支持。最后感谢国家自然科学基金项目（31272660）对本论文研究工作的资助。李秋莹2015年青岛I摘要海带是重要的经济褐藻，开展其群体遗传及重要经济性状遗传机制的研究对其品种改良具有重要价值，也对海带产业的发展具有重要意义。本研究在开发海带核基因组和细胞器SSR标记的基础上，对我国常见的海带养殖群体进行种群遗传结构的分析，另外，也对海带细胞器DNA的遗传模式进行研究，主要得出以下结果：(1)应用IlluminaHiSeq2000测序技术对海带基因组进行测序，从拼接的高质量基因组序列中开发SSR标记。使用MISA软件共检测到181

7、,595个SSR位点。海带基因组中SSR重复类型十分丰富，其中单核苷酸（54%）和三核苷酸重复（26%）最为丰富。从设计的19,658对引物中合成600对引物，其中166个位点（28%）在三个检测的海带个体中呈现多态性。60个多态的引物被用于24个样品中进一步分析多态性，每个位点产生等位基因的范围为2~7个（平均3.7个等位基因），观测杂合度为0~0.625，期望杂合度为0.082~0.745。多态信息含量值的范围为0.08到0.69，其中16个位点为高信息含量位点（PIC>0.5）。本研究开发的SSR标记将在海带遗传多样性分析，种群结构评估和QTL作图等方面起

8、到重要作用。(2)应用2