猪伪狂犬病病毒hen1株全基因组测序与病毒遗传变异分析

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1、密级:论文编号：中国农业科学院学位论文猪伪狂犬病病毒HeNl株全基因组测序与病毒遗传变异分析GenomicSequencingofPseudk>rabiesVirusHeNlStrainandGeneticDiversityAnalysisofTheVirus硕士研宄生：叶超指导教师：安同庆副研宄员申请学位类别：农学硕士专业：预防兽医学研究馨向》培养单位：哈尔滨兽医研宄所研宄生院2015年5月独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研宂成果，也不包含为获得中国农业科学院

2、或其它教宵机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研宄所做的任何贡献均已在论文屮作j/明确的说明并表示了谢意。研宄生签名：叶轻_时间：>0$年<月夕丨J关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被査阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意屮国农业科学院可以用不同方式在+同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研宂生签名：时间：年6月导师签名时间：年6月：曰中国农业科学院硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表论文题目猪伪狂犬病病毒HeNl株全基因组测序与病毒

3、遗传变异分析研宄方兽医微生物及论文作者叶超专业预防兽医学向其分子生物学指导教师安同庆培养单位（研宄所）哈尔滨兽医研究所硕（博）姓名职称单位专业签名导师硕导口盲评评博导口硕导口阅盲评博导口人硕导口VT博导口答辩主席隋广超授硕导口东北林业大学博导0硕导口华育平教授东北林业大学预防兽医学博导0硕导口周恩民教授西北农林科技大学预防兽医学博导0答硕导口中国农业科学院哈尔蔡雪辉研宂员预防兽医学博导0滨兽医研宄所辩硕导口中国农业科学院哈尔仇华吉研宂员预防兽医学博导0滨兽医研宄所委硕导口博导口员硕导口博导口会议记录（秘书）王刚论文答辩时间地点2015年5月25日主楼学术报告厅317Secrecy:No.Ch

4、ineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationGenomicSequencingofPseudorabiesVirusHeN1StrainandGeneticDiversityAnalysisofTheVirusM.S.Candidate：YeChaoSupervisor：Dr.Tong-QingAnMajor：PreventiveVeterinaryMedicineSpecialty:VeterinaryMicrobiologyandMolecularBiologyMay2015摘要猪伪狂犬病（Pseudorabies,PR）是由猪伪狂犬病病毒

5、（Pseudorabiesvirus,PRV）引起的一种猪传染病，其临床症状主要为妊娠母猪发生流产和仔猪出现神经症状，给养猪业造成了巨大损失。自上世纪90年代我国猪群通过免疫疫苗而有效控制该病，但自2011年下半年以来，在我国黑龙江、吉林、河南、江苏等多个省份的免疫Bartha-K61疫苗的猪场相继爆发了PR。2012年，本实验室于河南某免疫Bartha-K61疫苗猪场分离出一株PRV，命名为HeN1株，并证明疫苗Bartha-K61不能对HeN1感染提供完全的保护。此后，国内多个实验室也相继分离到了类似毒株。然而目前，对我国PRV当前流行毒株的分子特征、遗传变异情况尚不清楚。本研究对PRV

6、HeN1株进行了全基因组测序和注释。同时将HeN1序列与仅有的5条PRV完整基因组序列和1条90%以上完整序列进行了全基因组水平上的比较分析。分析结果表明，与国外毒株相比HeN1有多处插入、缺失。同时本研究设计了多对覆盖插入、缺失区域的引物，验证了多株国内不同时期和省份的PRV分离株也存在这些缺失、插入。国内毒株的这种缺失、插入特征提示我国流行的PRV与国外毒株之间存在着明显的差异。本研究进而对PRV又进行了系统分型研究。国外学者利用两种不同分型方法对PRV进行过较详细分型研究，然而我国毒株尚未有分型的报道。本研究利用限制性片段多态性（RFLP）分型方法和gC遗传进化分类方法对PRV进行了分

7、型研究。首次指出，我国流行的PRV与国外PRV毒株分别属于两个不同的基因亚型：国外毒株主要属于基因Ⅰ型，中国毒株主要属于基因Ⅱ型。HeN1和Bartha-K61的血清对这两株病毒的交叉中和实验结果也表明这两株病毒间存在一定的抗原性差异。感染和毒力相关基因的遗传变异表明我国PRV流行株的感染和毒力相关基因具有相似的分子特征，与我国早期PRV相应基因同源性较高。相比之下，国外毒株与国内毒株间各相关基因有较大突变和