跟踪：转录因子激活与靶基因.doc

《跟踪：转录因子激活与靶基因.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、跟踪：转录因子激活与靶基因转录因子上游信号通路，以及靶基因专题讨论。转录因子靶点的鉴定鉴定转录因子的靶点的第一步通常是将所研究对像敲除掉或超量表达，然后考察基因表达的变化，通常的方法有RT-PCR，消减杂交（subtractivehybridization），差异显示（differentialdisplay）和SAGE（analysisofgeneexpression）等。芯片技术的发展使这种分析变得更加简便。它能一次分析很多的基因。但上面的技术都不能让我们知道所找到的靶基因是否直接的靶基因，可能有大量的基因都是间接被调

2、控的。另外一些技术的发展使我们能够找到直接的靶点，如染色质免疫沉淀（chromatinimmunoprecipitation，ChIP）和Dam甲基化酶鉴定法（Dammethylaseidentification，DamID）。这种技术和芯片技术联合起来可以帮助我们分析在基因组范围内转录因子的结合位点，称作基因组范围的定位分析（Genome-widelocationanalysis）。另外，基于算法和数据库的生物信息学方法也得到了一定的发展，这表现在从单纯保守位点分析到比较基因组方法的应用，这种方法基于以下事实，在种间高

3、度保守的非编码序列有更大的可能性参与基因调控。>1、许多转录因子需要跟一些配体因子结合才能发挥功能。转录因子的蛋白结构一般分三个区：DNA结合区(DBD)，铰链区(hingedomain)，和配体结合区(LBD)，这个区域同时是转录激活/抑制功能区。这样的因子有PPAR,LXR（肝x受体）。2、有些转录因子的转录激活/抑制功能区不需要配体结合也能发挥功能，比如p533、而像NFkB这样的转录因子在细胞内以非活性的形式存在。静息时NF-kB二聚体与I-kB蛋白家族构成三聚体而存留于胞浆，当细胞受到外界因素，如细菌或病毒感染

4、、炎症细胞因子、TNF、LPS、紫外线照射、电离辐射等刺激后，I-kB将发生磷酸化并迅速降解，NF-kB被释放，、激活并进入细胞核，结合于特异性DNA位点，从而启动一系列基因的转录，发挥其重要的生物学作用[4]。转录因子的分类有很多种。从转录的过程来看，如TFIIB,TFIID等与RNApolymeraseII直接BIND的称generaltranscriptionfactor，其他位于启动子上游需要信号激活的转录因子也有一些分类方法。如楼上所说，有需要与配体相互作用以后转核的，如steriodhormonerecept

5、or，也有在细胞质内通过细胞膜的第二信使作用激活的蛋白因子，还有一些housekeepinggene的产物，同样也有transcriptionfactor的作用。与转录密切相关的co-factor，enhancer，也都对转录起重要作用。同时启动子上的一些cis作用元件。。。对于不同基因激活的方式各异，含盖的方面也比较广。看大家发了很多了，我就来个比较基础的东西，泛泛的谈谈转录因子是如何激活转录的吧，资料来源于Watson《MBOG》2004版，同时参考了杨克恭（协和的XX老师）讲课所编。基础的东西，嘿嘿，希望大家不要烦

6、啊！1.在体内由于DNA被组装成核小体核染色质，所以转录调节蛋白或者叫做转录因子，我们称之为Activator募集聚合酶到Promoter，稳定酶与DNA的结合。2.该作用主要是由于DNA结合Activator和部分转录机介导的，呵呵，所以我们又把它们叫做“Mediator”。Mediator一端表面和CTD"tail"结合（多聚酶的一个亚基），其他端和Activator结合。可见“Mediator”在在体内转录中的作用很重要啊！3.Mediator是由多个亚基组成的，如右上的图。某个亚基的缺失并不能使基因转录失活，只使

7、得小部分基因丢失，这点也是有意义的，可以解释不同的现象。4.Mediator还募集了染色体重塑体和组蛋白酰化酶，使DNA从凝集态转变为松散态。5.CTD的作用，贯穿于这个转录启始，延伸，终止过程中。只要是由于一个7肽一拷贝的不同位点Ser的磷酸化。如图启始阶段2、5位磷酸化可以募集加帽酶，延伸2位磷酸化募集剪切机组件，终止阶段5位磷酸化募集分裂因子并且使多腺苷酸化。如下图screen.width-333)this.width=screen.width-333"width=640height=462title="Click

8、toviewfull未命名.JPG(896X648)"border=0align=absmiddle>转录因子的人工设计。人工设计转录因子调控目标基因的表达，基于锌指蛋白结构域的设计已经展开。锌指蛋白结构域能够结合于特定的三个碱基配对的DNA序列上。RNA干扰和反义核酸技术能够抑制基因的表达，而人工设计转录因子能够升