应用16s rrna基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究

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1、重庆医科大学硕士学位论文应用16srRNA基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究姓名：沈亚娟申请学位级别：硕士专业：临床检验诊断学指导教师：夏云201205重庆医科大学硕士研究生学位论文应用16srRNA基因序列分析鉴定非典型细菌的实验研究摘要目的：建立以16SrRNA基因序列分析为基础的细菌鉴定方法，并初步将其应用于临床微生物常规细菌鉴定，评价其在常规细菌鉴定中的鉴定效能。方法：选择临床微生物实验室不能准确鉴定的细菌13株，以16SrIⅢA为靶序列，在两端保守区设计引物，PCR扩增目的片段，测序后与数据库中己知细菌的16S

2、rRNA序列进行序列比对。相似度大于99％的细菌判定为同种细菌，相似度介于95％～99％之间则判定为同属，相似度在91％～95％之间判定为同科。结果：13株菌中，有11株菌的16srRNA基因序列与数据库的比对结果相似性达99％以上，占84．6％，包括阴沟肠杆菌、Cowanii肠杆菌、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、土生拉乌尔菌、鲍曼不动杆菌、巴黎链球菌、铅黄肠球菌、副血链球菌、Umbumellasuis、空肠弯曲菌，成功鉴定到种的水平；鲁氏不动杆菌的16SrRNA基因序列与数据库的比对结果相似性为95％，仅能鉴定到属的水平

3、。结论：16S删基因序列分析的方法可以快速、准确地鉴定常规方法难以鉴定的不典型菌株，可作为细菌常规鉴定的补充方法。关键词：16Sr鼢蛆；细菌；鉴定2重庆医科大学硕士研究生学位论文APPLICATIoNoFIDENTIFICATIONoFATYPICALBACTERIAWITH16SRRNAGENESEQUENCEANALYSISABSTRACTobjectiVe：Establishedan印proachforbabacteriaidenti矗cationWith16Sr】附Agenesequenceanalysisand印

4、pliedtoroutinebacteriaidentmcationinclinicalmicroo略anismdep眦menti11itially，eValuateditsabilityforroutinebacteriaidentification．Methods：Selectedbacteriainaccurateidentificationbyclinicalmicroo玛anismdep耐mem，settingprimerstargeting16SrRNAgeneatconseⅣedregion，anlpilyi

5、ngthecertaillfragment，thencomparatingthesesequenceswithforegoneknownsequences洫thedatabase．Whenthedeteminedsequenceyieldedasimilar时scoreof≥99％withareferencesequenceofaclassifledspecies，theuI妇ownisolatewasassignedtothisspecies；whenthescorewas<99％and芝95％，theummowniso

6、latewasassignedtothecorrespondinggenus；andwhenthescorewas<95％，theummo、)~，Ilisolatewasassignedtoafamily．Results：11of13strains(84．6％)successedbeingidentifiedtospecieswithsimilarity>99％，includedEnterobactercloacae、Enterobactercowanii、St印hylococcusepidemidis、Staphyloc

7、occusaureus、Raoultellate玎igena、3重庆医科大学硕士研究生学位论文Acinetobacterbaumanii、Streptococcuslutetuensis、EnterococcuscasselinaVus、Streptococcusparasanguinis、Umburuellasuis、campylobacterjquni，butAcinetobacterlwo衔ionlycouldbeidemifiedtogenuswimsimilari够95％．Conclusion：The16S删Ag

8、enesequencea11alysiscouldident匆atypicalbacteriaquicklyandaccurately，itcouldbeansupplememarytestfIorroutillebacteriaidemification．Keywords：l6SrRNA；bacter