生物信息学在包虫基础研究中的应用前景new

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1、第31卷4期宁夏医科大学学报20o9年8月JournalofNingxiaMedicalUn~emity·549·文章编号：1674—6309(2009)04—0549—03生物信息学在包虫基础研究中的应用前景雄荚，丁聃，赵巍(宁夏医科大学基础医学院遗传学和细胞生物学教研室，银川750004)关键词：生物信息学；基因组学；寄生虫；包虫中图分类号：R383．3文献标识码：B在1956年美国召开的首次“生物学中的信息理论研讨中心维护的DNA序列关系数据库http：／／seqsim．ncgr．ore,／会”上人们提出了生

2、物信息学的概念Lj]。近几年，随着人类default．htm基因组计划(HGP)的迅猛发展，各种数学软件以及生物分OnlineMendelianInheritanceinMan(OMIM)——在线人类孟析软件的出现，将之前积累的大量不同生物基因序列、蛋白德尔遗传数据库http：／／www3．ncbi．nlm．nih．gov／Omim／质氨基酸残基序列、不同生物种属之间基因序列、蛋白质以8earchomim．html及结构序列的保守结构位点进行整合，并据此建立了庞大EuropeanDrosophilaGenomePr

3、ojecthttp：／／edgp．ebi．ae．uk／de-的数据库系统。而对于这些数据的分析，必须依靠计算机fault．htm分析技术的不断发展，所以就形成了一门由生物科学、计算TheInstituteforGenomieResearch(ⅡGR)——美国基因组研机科学、信息科学、应用数学、统计学等多门学科相互交叉究所http：／／www．tigr．ors／default．htm的学科——生物信息学技术[2-。TheSangerCentrehttp：／／www．sanger．ac．uk／defauh．htm生物信

4、息学的基础是各种数据库的建立和分析工具的SwissInstituteofBioinformatics(Expasy)http：／／www．expasy．ch／发展。迄今为止，生物学数据库总数已达500个以上。归default．htm纳起来可分为4大类：即基因组数据库、核酸和蛋白质一级GenomeNet(Japan)http：／／www．genome．ad．jp／defauh．htm结构数据库、生物大分子三维空间结构数据库，以及以上述AustralianNationalGenomicInformationServic

5、e(ANGIS)http：／／3类数据库和文献资料为基础构建的二级数据库'J。常用morgan．angis．SR．og．aa／defauh．htm生物信息学数据库[]：BioinformatiesandBiologyResumesontheIntemethtp：／／EuropeanMolecularBiologyLaboratory(EMBL)——欧洲分子生aeiveos．wa．eom／biology／index．html物学实验室http：／／www．ebi．ac．uk／ebi—docs／embl—db／ebi／

6、ListofotllerGenomeSitesh~p：／／www．hgmp．rare．ac．uk／topemb1．htmlGenomeWeb／default．htmUKHumanGenomeMappingProject—ResourceCenter(HGMP—BrunelUniversityOnlineTeachingProgrammehtp：／／Rc)——英国医学研究委员会所属人类基因组图谱资源中n．brune1．ac，uk／depts／bl／project／fmnt．htm心http：／／www．hgmp．in

7、re．ac．uk／defauh．htmWhiteheadInstituteforBiomedicalResearch(WI)http：／／SeqNet：UKNodeofEuropeanMolecularBiologyNetwork(EMB—www．wi．mit．eda／Net)一欧洲分子生物学信息网http：／／WICGR(WI／MITCenterforGenomeResearch)http：／／www—www．seqnet．d1．ac．uk／defauh．htmgenome．wi．mit．edu／GenBk——美

8、国国家生物技术信息中心(NCBI)所维护的ColdSpringHarborLaboratory(CSHL)——冷泉港实验室供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库http：／／http：／／clio．csh1．orS／www．ncbi．nlm．nih．gov／Web／Search／index．htmlSMI(StanfordMedicalInforma