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1、IntroductiontoProteinAnalysisToolsandPrediction呂平江博士/鄭兆勝博士清大生資所ExPASy(ExpertProteinAnalysisSystem)proteomicsserverSwitzerland:http://www.expasy.org/atSwissInstituteofBioinformatics,GenevaAustralia:http://au.expasy.org/atAustralianProteomeAnalysisFacility
2、,SydneyBrazil:http://br.expasy.org/atLaboratórioNacionaldeComputaçãoCientífica,PetrópolisCanada:http://ca.expasy.org/atCanadianBioinformaticsResource,HalifaxTaiwan:http://tw.expasy.org/atNationalHealthResearchInstituteChina:http://cn.expasy.org/atPekingU
3、niversityKorea:http://kr.expasy.org/atYonseiProteomeResearchCenter,SeoulIntroduction•ExPASy是由瑞士生物資訊機構(SwissInstituteofBioinformatics，SIB)所架設的伺服器。此伺服器包含了資料庫、工具&軟體、教育服務及一些相關連結。因為此伺服器所收集的資料及所提供的服務相當的龐大，無法一一概述，因此，我們在本課程中只針對資料庫及一部分的工具和軟體加以說明。其餘部分將由有同學自行參考。十二大
4、分類項目•蛋白質身份辨識與理化特性分析(Identificationandcharacterization)•人工轉譯分析(DNA->Protein)•相似序列搜尋(Similaritysearches)•樣板序列搜尋與分析(Patternandprofilesearches)•轉譯後修飾預測(Post-translationalmodificationprediction)•拓樸特性預測分析(Topologyprediction)•一級結構分析(Primarystructureanalysis)•二級
5、結構分析(Secondarystructureprediction)•三級結構分析(Tertiarystructure)•序列比對(Sequencealignment)•演化樹分析(Phylogeneticanalysis)•生物學關鍵字分析(Biologicaltextanalysis)蛋白質身份辨識與理化特性分析(Identificationandcharacterization)•以氨基酸序列預測質譜指紋(massfingerprinting)或以質譜指紋來確認蛋白質成份。•分子量(MW)、等電點
6、(pI)計算與氨基酸成分比例分析–ComputepI/Mw,AACompSim•蛋白分解酵素切位與片段分析–PeptideCutter,PeptideMasssequenceResults樣板序列搜尋與分析(Patternandprofilesearches)•搜尋經常被重複性使用的功能或結構性樣版序列。例如Calciumbindingdomain,ATPaseactivesite等。•ScanProsite,PPSEARCH,MotifScan拓樸特性預測分析(Topologyprediction)•
7、利用氨基酸序列預測蛋白質的拓樸學特性。例如：•胞內分佈位置(subcellularlocalization)預測–PSORT,TargetP•穿膜區域預測–PredictProtein,SOSUI,TMHMM,TMpred•蛋白質骨架走勢分析–TopPred一級結構分析(Primarystructureanalysis)•基本理化特性計算分析–ProtParam,ComputepI/Mw•特殊序列搜尋分析–重複性:REP–coiledcoil:Coils•親水性、親油性、SSE預測分析–ProtScal
8、e,DrawhcasequenceResultsSWISSPDBViewerSWISSPDBViewer1.Distance/angle2.Ribbon3.Ramachandranplot4.Mutation/rotamer5.Superimpose6.ComputeH-bond/energy7.Energyminimization8.CavityLIGPLOTv.4.4.2Programforautomaticallyplottingpr
