Diamond中文指南

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1、晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用吴平伟中国海洋大学材料科学与工程研究院E-mail:wupingwei@mail.ouc.edu.cn中国海洋大学材料科学与工程研究院第１页共14页晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。NaCl晶体的结构数

2、据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a,Cl:4b。我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。打开软件，界面如下图所示：点击“File

3、New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。中国海洋大学材料科学与工程研究院第２页共14页结果生成一个名字为Diamond1的

4、空白的页面，同时弹出一个名字为NewStructure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认CrystalStructurewithcellandSpacegroup被选中，在Celllength中输入5.64，如下图：注意Spacegroup（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。点“OK”回到前面的对话窗口。中国海洋大学材料科学与工程研究院第３页共14页点“下一步”

5、（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomicparameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）点“下一步”，在出现的CompletingthenewstructureAssistant窗口中有三个选项：Startstructurepicture;Launchthestructurepicturecreationassistant;Createstructurepictureautomaticly。选中Startstructurepicture，点击“完成”。出现一个名字为

6、Diamond1>Structure1>Picture1的窗口，我们准备建造的NaCl晶体模型将在这个窗口中显示。接下来输入原子坐标。点“Structure

7、AtomicParameters”，在弹出的对话窗口中点“Insert”，在“Element”后的下拉选项中选中Na，（Symbol后输入元素符号，Oxidation后输入元素的价数，S.O.F是原子的位置占有分数，对NaCl晶体中的Na和Cl原子来说都是1，因为都是1，所以也可以不输入），在Position后的下拉选项中选中4a；按“Append”，在“Element”

8、后的下拉选项中中国海洋大学材料科学与工程研究院第４页共14页选中Cl，在Position后的下拉选项中选中4b，如下图。点“确定”。点“Build

9、Fill

10、unitcell”，将出现NaCl晶体一个晶胞的模型。点“Move

11、Rotatealongx/yaxis”，就可以将模型旋转，从不同的角度观察。但也许你不喜欢背景和原子及晶胞的颜色，Diamond可以让你设置你自己最喜欢的颜色。改变背景设置：点“Picture

12、Layout”，在弹出的窗口中点“Background”，在Background后的下拉选项中选你喜欢的背景颜色

13、，点“确定”退出对话窗口回到Picture1，可以看到背景已经变成了黑色（如果点“Applynow”则不退出对话窗口但可以看到背景已经变成了黑色）。中国海洋大学材料科学与工程研究院第５页共14页改变原字颜色等设置：点“Picture

14、AtomDesigns”，在弹出的“AtomGroupDesigns”窗口中选择相应的原子，点“Styleandcolors”，在“Style”后的下拉选项中可以选不同的原子类型，这里我们选“Solid/Empty/Boundaryellipse”，即实心球，在“Fix”下的“Color”后选你喜

15、欢的颜色，这里我们选择Na为红色，Cl为绿色。点“ModelandRadii”，可以改变所选原子的模型“Global/Individual”或“Standard(BallandStick，即球-棍模型”或其他类型，可以选择不同的模型看看有什么变化。在“Radii”下的Radi