N-SRA数据上传文档.pdf

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1、SRA数据上传说明文档转录调控事业部注册账号：在上传数据之前，需要先注册一个NCBI的账号,登陆网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/点击如下图所示的“RegisterforaNCBIaccount”部分，并进入到注册页面。如果已在NCBI有用户名和密码，可以跳过此环节。SRA数据上传包括几个平台，即：Bioproject,Experiment,Biosample,run。每个平台具体的含义是：Bioproject—SRAstudy:研究目的-为什么要对样品进行测序；Biosample—SRAsample

2、用于测序的样品的具体描述性信息。SRAExperiment—具体测序是如何进行的，包括测序类型，机器型号，测序策略等信息。SRArun—数据上传例如一次测序中包括5个样本，则上传时包括1个Experiment，1个Project，5个Biosample,5个run。所以上传数据包括几个内容的创建，而Biosample和Bioproject的创建是可以独立出来的。二、Biosample和Bioproject的创建登录网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47529/进入以下页面：1.创建Biosample（

3、1）点击上图中的“BioSample”进入以下界面：（2）点击“Newsubmission”，进入以下界面，填写其中的基本信息，填写内容真实；（3）填写完毕之后点击页面上的“Continue”，进入第二步，如下图所示，有两个内容需要我们填写：1.Releasedata，该信息暂时无需填写，选择默认第一个就可以；2.样本类型，有两个选择，多样本和单样本，根据具体情况去选择；（4）以多样本为例，进入下一步，样本类型的选择，有植物，微生物，人等样本类别，此处以“植物样本”为例进行选择，选择之后进入下一步：（5）点击“downloadExcel”下载需填

4、写的文档：（6）Excel的填写：该表中上方为表格填写的相应说明，内容填写在上图中下方最后一行的位置，表格填写的规则如下：1.绿色框为必填项，蓝色框为至少填写一项内容，黄色为选填项；2.表格填好后，需另存为TXT格式文本。（7）进入下一步，将填写好的sample信息（TXT格式文件）上传至下图中的位置：（8）上传后，系统会进行审核，如果有哪些内容填写不正确，会给予提示，根据提示内容改正后重新上传，审核通过后进入下一步：（9）点击进入创建sample的最后一步：（10）点击“Submit”，创建成功。记下Biosample的accession号，不

5、进行记录也可以，在NCBI自己的账号里和邮箱中都有相应记录。2.Bioproject的创建仍然是之前的登录界面：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47529/（1）点击“BioProject”进入创建界面，已经填写过的信息会自动添加上，点击“Continue”即可；（2）选择对应页面下相应的内容，根据测序类型进行选择：当某项内容不知该如何选择时，可点击该项后边的“”就可出现该项内容的介绍和说明；（3）填写完以上内容之后，进入下一步，填写关于实验物种的简洁描述或者说是一个题目；（4）进入第四步填写：Rele

6、asedata——数据释放时间，最长是一年之后释放；Projecttitle——根据前边填写内容，自动添加，无需再次填写；Publicdescription——关于该实验设计的简单描述；该项选择是指本次上传的数据是之前上传数据的补充数据，还是新数据，如果是新数据，则下方第二张图中的部分不会填写；（5）第5步Biosample的填写，写上样品名称即可，注意需要与Biosample中的样品名称一致；（6）第6步，该内容可不填写，直接进入下一页面；（7）进入最后一步“overview”；填写无误之后，点击下方的“Submit”按钮，创建该Proj

7、ect；（8）之后会看到创建成功的页面：二、创建Experiment1.打开以下链接：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra_sub/sub.cgi进入开始创建页面，点击进入“NCBIPDA”；2.点击下方“Createnewsubmission”按钮；3.Alias：此处只需填写一个自己熟悉的名字即可，这个名字不对外显示，是作为上传任务的一个ID（SubmissionID），只作为自己的参考。Releasedata：数据释放日期，最长可一年后释放。填写完毕后，点击“save”；4.点击“NewExperim

8、ent”，进行具体内容的填写；5.此处需要填写的内容包括：测序平台，测序的Title，之前创建过得BioProject，BioSampl