树鼩中APP基因特征描述及可变剪接体的分型鉴定.pdf

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1、2017年4月中国实验动物学报April2017第25卷第2期ACTALABOＲATOＲIUMANIMALISSCIENTIASINICAVol．25No．2殝檵檵檵檵殝檵檵殝研究报告檵檵檵檵殝树鼩中APP基因特征描述及可变剪接体的分型鉴定*罕园园，孙晓梅，匡德宣，陆彩霞，陈玲霞，仝品芬，王文广，李娜，代解杰(中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所树鼩种质资源中心，云南省重大传染病疫苗研发重点实验室，中国医学科学院医学生物学研究所实验树鼩标准化与应用研究省创新团队，昆明650118)【摘要】目的区分并鉴定树鼩中APP基因mＲNA的多种可变剪接体，对APP基因特征进行描述，并

2、确定其在各组织中的表达分布。方法参考已知人的和树鼩基因组预测的APP基因序列，设计树鼩APP基因mＲNA剪切体外显子的共同特异性引物。分别从树鼩不同组织中提取总ＲNA，反转录为cDNA，利用高保真酶扩增目的剪切体DNA。根据PCＲ扩增产物电泳条带的有无和大小初步判断剪接体的型别，最后将PCＲ产物胶回收进行测序鉴定，对获得的基因进行特征描述，并结合定量PCＲ的结果确定了各剪接体在不同组织中分布情况。结果结果表明树鼩APP剪接体的全长为3514bp，有一个109bp的5’-UTＲ，1092bp的3’-UTP。APP基因在调查的9个物种中高度同源保守，显示树鼩与灵长类存在一个较近的亲缘

3、关系。通过三维建模获得了树鼩和人的APP基因共同拥有的4个结构域。同时确认这4种通过外显子跳跃产生的APP可变剪接体在不同组织中的分布和表达。4种检测到的剪接体APP770，APP695，APP751，APP677均表达于肺、肾和肠，表达量最高的是肺、肌肉和睾丸。结论对树鼩APP基因可变剪接体的表达研究，有助于推动树鼩作为阿尔茨海默病模型深入研究疾病的发生机制和药物研发。【关键词】树鼩;APP基因;可变剪接体;阿尔茨海默病模型【中图分类号】Q95-33【文献标识码】A【文章编号】1005-4847(2017)02-0132-07Doi:10.3969/j．issn．1005－48

4、47.2017.02.004CharacterizationoftreeshrewAPPgeneandidentificationofitsalternativelysplicedvariantsHANYuan-yuan，SUNXiao-mei，KUANGDe-xuan，LUCai-xia，CHENLing-xia*TONGPin-fen，WANGWen-guang，LINa，DAIJie-jie(CenterofTreeShrewGermplasmＲesources，InstituteofMedicalBiology，ChineseAcademyofMedicalScience

5、sandPekingUnionMedicalCollege．YunnanKeyLaboratoryofVaccineＲesearchandDevelopmentonSevereInfectiousDiseases．YunnanInnovationTeamofStandardizationandApplicationＲesearchonTreeShrew．Kunming650118，China)【Abstract】ObjectiveTheaimofthisstudywastodifferentiateandidentifyallthevariantsofAPPmＲNAintrees

6、hrew，describethecharacteristicsofAPPgenes，anddetermineitsdistributionindifferenttissues．MethodBasedontheknownhumanAPPsequenceandpredictedtreeshrewAPPgene，wedesignedapairofcommonspecificprimer．WeextractedtotalＲNAfromdifferenttissuesrespectively，usingＲT-PCＲtogetthetargetedcDNA．Wedifferentiatedt

7、hevari-antsbyelectrophoresis．FinallywerecollectedtheＲT-PCＲproductsforsequencing．CombinedwiththeqPCＲresults，weconfirmedthequantitativedistributionofthevariantsindifferenttissues．ＲesultsOursequencingresultsshowedthatthelengthofthetreeshrewAPPsp