生物信息学试卷A.doc.doc

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1、2005年级生物技术本科一、选择题1.在NCBI进行BLAST序列比对时，需要输入查询序列的信息，以下错误的格式是（）A.序列的GB号B.序列的gi号C.序列对应基因的ID号D.FASTA格式的序列2.BLAST比对结果报告中有一个统计数值E值，该值大小与匹配度的关系是（）A.值越小说明匹配度越低B.值越小说明匹配度越高C.两者无内在关系D.以上说法都不对3.下列哪个不是Entrez的逻辑运算符（）A．ANDB．ORC．BUTD．NOT4.下面对进化树理解错误的是（）A．从根节点到任何一个节点的唯一路径和方向代表了进化方向B．根是树中所有物种的共同祖先C．根节点上

2、的物种我们认为比树中其他所有的物种分化更早D．从根节点到任何一个节点的路径与物种的进化程度相关5.下面这段蛋白质序列是什么格式?()>gi

3、4506183

4、ref

5、NP_002779.1

6、proteasomealpha3[Homosapiens]MSSIGTGYDLSASTFSPDGRVFQVEYAMKAVENSSTAIGIRCKDGVVFGVEKLVLSKLYEEGSNKRLFNVDRHVGMAVAGLLADARSLADIAREEASNFRSNFGYNIPLKHLADRVAMYVHAYTLYSAVRPFGCSFMLGS。。。。。。A.GBFFB.TEXTC.PD

7、BD.FASTA6.检测核酸序列是否受到了载体污染的最主要方法是：()A．在载体数据中做相似性搜索B．搜索序列中的限制性酶切位点C．检索细胞数据库D．检索宿主序列数据库7.利用ExPASy网站的AACompIdent工具软件进行蛋白质鉴定的时候不能输入的数据是：（）A．要鉴定的蛋白质氨基酸组成比例B．对应的核酸组成比例C．限定搜索的物种范围D．蛋白质序列的pI值8.关于蛋白质序列数据库，以下说法错误的是：（）A．UniProtKB/TrEMBL是Swiss-Prot数据库的一个由计算机自动注释的增补版B.PIR－PSD是非冗余的蛋白质序列数据库C.PDB数据库同样

8、包含了蛋白质序列的详细信息D.NCBI同样提供了蛋白质序列子数据库9.ExPASy上的工具软件TMpred提供的是哪种类型的服务？（）A．蛋白质三级结构分析B．蛋白质序列理化性质预测C．蛋白质二级结构分析D．蛋白质跨膜结构分析10.蛋白质序列的描述行：>gi

9、28435532

10、gb

11、AAO41714.1

12、NPC-associatedpeptide[Homosapiens]中的AAO41714.1是什么意思？（）A．AAO41714是NCBI中序列的ACCESSION，小数点后的1是版本号B．序列在Swiss-Prot中的ACCESSIONC．序列的motif数据库

13、中的ACCESSIOND．序列对应的基因ID号1.C2.B3.D4.D5.D6.A7.B8.C9.D10.A二、简答题（总分40分）11.系统发生树是由二元树来表示的，它表示什么进化关系？进化树树根的确定又有哪几个重要原则？给如下数据构建进化树，三条序列，其两两距离为：，假设根节点离的距离为0.7。（15分）12.什么是多序列比对？完成多序列比对需要哪几个步骤？试举一种多序列比对的工具。（5）13.请分别解释LOCUSACCESSIONVERSIONKEYWODS的意思,并说明DEFINITION的作用。14.解释一下生物信息名词BLAST、PROSITE、NCB

14、I、UniProt、/db_xref="GeneID:281444"。（10分）15.翻译并简单介绍该工具：ProtParamcomputesvariousphysico-chemicalpropertiesthatcanbededucedfromaproteinsequence.Noadditionalinformationisrequiredabouttheproteinunderconsideration。（5分）三、综合题（总分30分）16．假设我们现在得到了一个编码蛋白的基因，名字是PSMA3，想通过NCBI提供的Entrez查找该基因的相关信息，请详细

15、说明检索步骤？（20分）17.生物信息学是一门新兴的学科，融合了生物科学、计算机科技和数学等，同时网上提供了大量的数据库查询和数据处理的免费工具软件，通过本课程的学习，你对36学时的生物信息学课程的教学内容有何想法？例如网站数据库的检索和常用工具软件的应用该占多大比例，相关工具软件的算法应该占多大的比例。（10分）11.（15分）系统树作图占10分。12.（5分）答：1.所有的序列之间逐一比对（双重比对）2.生成一个系统树图，将序列持相似性大致地分组3.使用系统树图作为引导，产生出最终的多序列比对结果答错一条扣2分，扣完为止。13.（5分）每个概念1分。14.（1

16、0分）每个