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1、封面页（设计好之后可以删掉这个文本框哦）二代测序技术的应用及分析流程袁力赟2015-8-261二代测序技术基本介绍目2二代测序技术的应用及基本流程录3不同测序水平数据的整合分析1二代测序技术基本介绍目2二代测序技术的应用及基本流程录3不同测序水平数据的整合分析二代测序vs一代测序NatBiotech26:1135(2008)Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cn几种主流平台的关键参数对比Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏
2、州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cn两类建库技术/测序模式•单个Reads•PairEnd/MetaPairBasepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnPair-end建库和测序KnownDistanceRead1Read2RepetitiveDNAPairedreadmapsuniquelySinglereadmapstomultiplepositionsBasepair苏州贝斯派生物科
3、技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnMate-pair建库和测序KnownDistanceRead1Read2MolecularEcologyResources(2011)Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cn一些测序中提到的基本概念•Yield,datasizeproducedbysequencer.•Reads,sequencedfragments.•Readleng
4、thandquality.•Coveragefold,numberoftimesanucleotideisrepresented.•Depth,theaveragecoveragefold.•Coveragerate,ratiooftheregionsequencedtothewholegenome.•Homopolymer,e.g.AAAAABasepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cn通常深度测序数据处理流程Basicanalysis
5、procedureConsiderationCommonsoftwareImagedataQualitycontrolSCS,IPAR,PipelineSequencesdataSff_extractscriptQualitycalibratedSeqclean,lucy,fastx-toolsDatafilteringLength&QualityCAP3,gassembler,MIRA,CeleraMappingAssemblyBowtie,SOAP,Bwa,(withreference)(noreference)S
6、SAHA2SNP:MAQ,Pyrobayes,ssahasnp,QualitySNPCoverage,depth,StatisticscalculationmappingefficiencyGeneforecast:Glimmer,glimmerHMMGeneannotation:DifferentapplicationAdvancedAnalysisBlast,wublast,Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cn1二代测序技术
7、基本介绍目2二代测序技术的应用及基本流程录3不同测序水平数据的整合分析LOREMIPSUMDOLORSITAMET转录组甲基化、组蛋白mRNA，ncRNA修饰基因组重测序元基因组外显子捕获1.基因组重测序的实验设计Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnMapreadsontogenomes(Bowtie)NatBiotechnol.2009,27(5):455Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司ww
8、w.basepair.cnwww.basepair.cn遗传标记的识别Basepair苏州贝斯派生物科技有限公司苏州贝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cn全基因组重测序和靶向重测序•全基因组重测序•靶向区域重测序•ExomeCapture测序•RAD测序Basepair苏州贝斯派生物科技
