基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属

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1、基于高通量测序分析年糕菌群结构和优势菌属首页页脚信息格式不符蔡怀依雷丽萍娄永江李勇勇(宁波大学海洋学院，宁波315211)摘要：结合宏基因组DNA进行高通量测序，分析年糕菌群结构和优势菌属。使用Usearch等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTU）数量，分析内生细菌的丰度和α-多样性，获得了用于分析的有效序列25896条，OTU数为81。稀释曲线表明测序深度充分，OTU数量接近于饱和。年糕样品的Chao1指数为90.23,Shannon多样性指数为1.80。基于OTU的物种分类分析，年糕内生细菌种类覆盖29个属

2、8个纲5个门，其中年糕内生细菌优势菌属为玫瑰色半光合菌属(Roseateles，36.75%)、芽胞杆菌属(Bacillus，24.38%)、寡养单胞菌属（Stenotrophomonas，9.36%）。关键词：高通量测序年糕菌群结构优势菌属中图分类号：TS202.3文献标识码：AAnalysisofstructuralchangesofspoilagebacteriaanddominantspoilagebacteriaofricepastrybasedonhighthroughputsequencingtechnolo

3、gyCaiHuaiyiLeiLipingLouYongjiangLiYongyong(SchoolofMarineScience,NingboUniversity,Ningbo315211)Abstract:Inordertorevealbacteriastructureanddominantspoilagebacteriaofricepastry,metgenomeDNAwasanalyzedbyhighthroughputsequencing.Thenumberofsamplesequencesandoperation

4、altaxonomicunits(OTU)werereorganizedandcountedusingsoftwarelikeUsearchtoanalyzetheabundanceandα-diversityofentophyticbacteria.25896effectivesequencesand81OTUwereobtained.Thedilutioncurveshowedthatsequencingwasthorough,andOTUnumberwasclosetosaturation.Chaolindexofr

5、icepastrysamplewas90.23,andShannondiversityindexwas1.80.BasedonOTUspeciescategorizationanalysis,thetypesofentophyticbacteriacovered29geneses,8classes,and5phylum.ThedominantentophyticbacteriawereRoseateles(36.75%),Bacillus(24.38%)andStenotrophomonas(9.36%).Keywords

6、：highthroughputsequencing,ricepastry,Florastructure,dominantbacteria年糕（ricepastry）是一种具有悠久历史的半方便性的米制品，有浓郁的地方传统和特色[1]。其营养丰富，水分含量高，水分活度大，且整个加工过程中年糕原辅料半成品及成品都直接与水或空气接触，这也直接为微生物提供了适宜的生长条件[2]。通过分析年糕储藏过程中的菌群结构，从而有目的的选用合适的抑菌剂，能为年糕品质劣化控制提供基础资料。目前，分析微生物群体的多样性及群落结构的经典方法是分离、培

7、养以及鉴定，需要进行一系列繁杂的形态特征和生理生化实验，且能够培养分离出的微生物仅占样品的1%~10%，无法解析微生物的组成及丰度情况[3]。随着宏基因组学概念的提出和高通量测序技术的发展，使样品中不可培养的微生物、低丰度的微生物均能被检测出，更完整地反映样品中微生物的群落特征，使菌群的分析更准确和快速[4-7]。本研究采用宏基因组结合高通量测序技术分析年糕菌群结构和优势菌属，为进一步探讨微生物与年糕品质的相关性奠定基础。1材料与方法1.1材料与试剂年糕：宁波江北五桥粮油食品有限责任公司提供；E.Z.N.A.SoilDNA

8、KitD5625-01：OMEGA；Qubit2.0DNA检测试剂盒Q10212：Life；TaqDNAPolymeraseEp0406：Thermo；AgencourtAMPureXPA63882：Beckman；实验用水：经Milli-QIntegral5超纯水系统纯化。1.2仪器与设备Pico-2