16S rDNA高通量测序分析患子宫炎奶牛子宫内菌群的变化

《16S rDNA高通量测序分析患子宫炎奶牛子宫内菌群的变化》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、分类号密级UDC单位代码10435硕士学位论文16SrDNA高通量测序分析患子宫炎奶牛子宫内菌群的变化ChangesofUterusBacterialinDairyCowswithMetritisBasedon16SrDNASequencingMethod研究生姓名逄宾宾指导教师曹荣峰教授学科专业临床兽医学研究方向动物临床免疫与疾病防治中国·青岛二〇一八年六月ChangesofUterusBacterialinDairyCowswithMetritisBasedon16SrDNASequencingMethodThesissubmittedtoQingdaoAgriculturalU

2、niversityInFulfillmentoftheRequirementfortheDegreeofMasterofAgronomyPangBinbin（CollegeofVeterinaryMedicine）Supervisor:Prof.CaoRongfengQingdao.ChinaJune,2018独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得青岛农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何

3、贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：时间：年月日关于论文使用授权的说明本人完全了解青岛农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意青岛农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。(保密的学位论文在解密后应遵守此协议)研究生签名：时间：年月日导师签名：时间：年月日青岛农业大学硕士学位论文摘要16SrDNA高通量测序分析患子宫炎奶牛子宫内菌群的变化摘要奶牛子宫炎是造成奶牛不孕的常见多发病，严重影响奶牛业的发展。奶牛子宫内微生态体系

4、与子宫炎的发生发展和转归关系密切。16SrDNA高通量测序技术是研究微生物区系的最新技术手段，以此分析奶牛产后健康和患子宫炎的子宫内菌群丰度及多样性变化，来进一步揭示奶牛子宫炎的发生、发展和转归机理。试验筛选产后健康和患子宫炎奶牛各3头，分别在产后1d、7d、14d、21d和35d取子宫内容物，提取细菌基因组DNA，分别用引物515F5′-GTGCCAGCMGCCGCGG-3′和907R5′-CCGTCAATTCMTTRAGTTT-3′扩增16SrDNA基因V4+V5区，构建基因文库，使用HiSeqPE250平台进行16SrDNA高通量测序，用OTU聚类、Chaol和Shannon指

5、数判定菌群丰度，并进行α和β多样性分析。试验共得到30个内容物样本，29个经PCR检测合格。聚类结果显示，健康组除1个样本外，OTU都在200以上；而子宫炎组除4个样本外，OTU都在200以下，结合Chao1指数和Shannon指数的结果都表明，患子宫炎组奶牛子宫内菌群多样性比健康组低。对奶牛子宫内菌群相对丰度分析发现，在门水平上，健康及患子宫炎奶牛子宫内有6个相同的优势菌门，分别为拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、变形菌门、放线菌门和柔膜菌门。患子宫炎奶牛子宫内菌群在门水平上的变化特征主要以拟杆菌门和梭杆菌门相对丰度升高，厚壁菌门和变形菌门相对丰度降低为主。在属水平上，健康奶牛子宫内有

6、10个优势菌属，患子宫炎奶牛有9个。其中拟杆菌属、卟啉单胞菌属、盐单胞菌属、梭杆菌属、严格厌氧梭菌属和盐球菌属是共有的优势菌属；理研菌科-RC9、链球菌属、大肠杆菌志贺菌属和6-普氏菌属是健康组特有的；Falsiporphyromonas、Caviibacter和7-普氏菌属是患病组特有的。患子宫炎奶牛子宫内菌群在属水平上的主要变化特征以卟啉单胞菌属、梭杆菌属及拟杆菌属相对丰度升高，严格厌氧梭菌属相对丰度降低为主。聚类进化树分析发现，健康组13个样本和患病组4个样本为一簇，而患病组11个样本和健康组1个样本为一簇。进一步用PCoA分析发现，健康组和患病组分别聚集在不同区域。说明健康组

7、与患子宫炎组奶牛子宫内菌群的结构上存在显著差异。分析产后1~35d奶牛子宫菌群多样性变化规律发现，健康组奶牛子宫内菌群1青岛农业大学硕士学位论文摘要多样性在产后1~14d升高，14~35d降低；患子宫炎组1d和7d子宫内菌群多样性差异不显著，产后8~13d子宫内灌注土霉素，产后14d和21d子宫内菌群多样性差异不显著，产后35d菌群多样性与健康组持平。结果表明，产后1~35d奶牛子宫菌群多样性先增高后降低，而患子宫炎奶牛产后1~21d子宫菌群多样性持续较低