魁蚶微卫星富集文库的构建及四个地理群体的遗传多样性分析

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1、学校代码：10264研究生学号：M090101054上海海洋大学硕士学位论文魁蚶微卫星富集文库的构建及四个地理群体题目:的遗传多样性分析ConstructionofMicrosatellite-Enriched英文题目:LibraryandGeneticDiversityinFourPopulationsofScapharcabroughtonii专业:水产养殖研究方向:水产动物遗传育种姓名:田吉腾指导教师:刘志鸿研究员二O一二年五月三日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德

2、，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部

3、分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日魁蚶微卫星富集文库的构建及四个地理群体的遗传多样性分析学位论文完成日期：指导教师签字：答辩委员会成员签字：上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注张士璀中国海洋大学教授主席李琪中国海洋大学教授委员王昭萍中国海洋大学教授委员杨爱国黄海水产研究所研究员委员张庆文黄海水产研究所研究员委员

4、吴彪黄海水产研究所助理研究员秘书答辩地点黄海水产研究所答辩日期2012-5-23魁蚶微卫星富集文库的构建及四个地理群体的遗传多样性分析摘要:本文以魁蚶(Scapharcabroughtonii)为实验材料，采用磁珠富集法构建魁蚶微卫星序列基因组文库，经过优化PCR反应筛选分离出48对扩增条带清晰稳定，多态性较高的微卫星标记。选取其中20对引物分析了魁蚶的4个地理群体（日照、蓬莱、黄岛、韩国）间的遗传多样性、遗传分化及遗传距离等。论文的主要研究结果如下：1.利用磁珠富集法筛选魁蚶微卫星标记，并对所

5、得标记进行了分析。通过MspⅠ酶切魁蚶基因组DNA，收集400-1200bp的片段，通过生物素标记的寡核苷酸探针(AC)15、(AG)15捕捉含有微卫星序列的DNA片段，然后连接到pMD18-T载体中，转化至TOP10大肠杆菌中，构建魁蚶微卫星序列富集文库。随机选取890个菌落，经菌落PCR检测阳性克隆，筛选出295个阳性克隆进行测序，结果208个含有微卫星序列。其中完美型147个，占70.7%，非完美型35个，占16.8%，混合型26个，占12.5%。重复次数5~31次，重复单元以AG、AC为

6、主。利用软件共设计出140对微卫星引物，其中能扩增出稳定条带的102对，表现为多态性的48对。利用30个魁蚶对筛选出的48个微卫星标记进行多态性分析和遗传信息的评价，共获得了375个等位基因，不同位点获得的等位基因数目从2～14个不等，平均每个位点获得7.8个等位基因。观测杂合度、期望杂合度及多态信息含量(PIC)的范围分别是0.1034~0.9655，0.1831~0.9208，0.1638~0.8946，结果表明所筛选的微卫星标记大部分具有较高的多态性。2.从筛选的48对多态性标记中选取20

7、对微卫星引物，对中国日照、蓬莱、黄岛和韩国的4个魁蚶群体进行遗传多样性分析。共扩增得到196个等位基因，不同引物等位基因数为5～17，平均等位基因数为9.8，平均有效等位基因数为7.3540。计算各位点的多态信息含量（PIC），20个位点在4个群体中PIC值介于0.6720~0.9224之间，平均值为0.8357，均大于0.5，呈高度多态性，表明各位点在I魁蚶群体中均表现出高的遗传多样性水平，所选微卫星引物可以用于群体间的遗传关系鉴定。各群体平均观测杂合度(Ho)范围在0.7039~0.8265

8、之间，平均期望杂合度(He)范围在为0.8333~0.8524之间；20个位点在4个群体中反应的杂合度有所差异，位点KH-42、KH-43在群体中的观测杂合度最高，为0.8974，位点KH-26在群体中的观测杂合度最低，为0.5741。位点KH-26在各群体中均显著或极显著偏离Hardy-Weinberg平衡，除部分位点分别在不同群体中出现显著或极显著偏离外，其余位点均符合HW平衡。群体间遗传分化指数Fst在0.0132~0.0314之间，黄岛-韩国群体分化最大(0.0314)，日照-黄岛群体分