基于SSR标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析.pdf

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1、北方园艺２０１７（０８）：１１１～１１４·生物技术·ＤＯＩ：１０．１１９３７／ｂｆｙｙ．２０１７０８０２５基于ＳＳＲ标记的暗褐网柄牛肝菌遗传多样性分析曹旸，何明霞，高锋，刘静，张春霞，许欣景（云南省热带作物科学研究所，云南景洪６６６１００）摘要：以３３份暗褐网柄牛肝菌样品为试材，采用ＳＳＲ标记技术，对其遗传多样性进行研究，以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明：１５个ＳＳＲ标记中有５个标记在供试样品中表现出多态性，每个标记检测到２～６个等位基因，平均３．２０个，Ｓｈａｎｎｏｎ′ｓ信息指数平均值０．７６，多态性信息含量平均值０．４３。聚类分析结果显示，在相似系数为０．９

2、９时，供试材料可被分为１１个类群，对应１１种多位点分子表型，与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的ＳＳＲ指纹图谱。关键词：暗褐网柄牛肝菌；ＳＳＲ标记；遗传多样性中图分类号：Ｓ６４６．３文献标识码：Ａ文章编号：１００１－０００９（２０１７）０８－０１１１－０４［５－１１］简单重复序列（ＳＳＲｓ，Ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔｓ），地。暗褐网柄牛肝菌俗名“黑牛肝菌”，其味道鲜又叫做微卫星位点（Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅｓ），是由１～６ｂｐ的美，营养丰富，是云南南部及泰国北部最受欢迎的野［１］重复单元串联重复而成的序列。它们在原核、真生食用菌之一，

3、也是目前已知的唯一能够真正实现［１２－１４］核基因组中广泛分布，在基因编码区及非编码区都人工菇房栽培的可食用牛肝菌。该研究利用由［２］能找到。作为分子标记，ＳＳＲ有许多优点：在整个基因组数据中开发、筛选到的１５对暗褐网柄牛肝菌基因组中分布广泛、均匀且数量充足，因而多态性很［１５］特异性ＳＳＲ引物，对３３份样品的遗传多样性进高；ＳＳＲ标记呈孟德尔共显性遗传，可以区分纯合、行分析，以期为有效利用分子标记评价暗褐网柄牛杂合基因型；ＰＣＲ扩增仅需要少量ＤＮＡ，且对ＤＮＡ肝菌种质资源提供参考。的质量要求不高。传统获得ＳＳＲ标记的方法需通过１材料与方法建立、筛选基因组文库，克隆测序，引物设计

4、等一系１．１试验材料列试验，耗费许多人力、物力。目前，随着基因组测供试３３份暗褐网柄牛肝菌栽培菌株、标本均保序越来越便捷，由基因组数据中直接开发ＳＳＲ标记存于云南省热带作物科学研究所，其编号及来源见［３－４］的方法也被运用得越来越多。表１。暗褐网柄牛肝菌（Ｐｈｌｅｂｏｐｕｓｐｏｒｔｅｎｔｏｓｕｓ（Ｂｅｒｋ＆１．２试验方法Ｂｒｏｏｍｅ）Ｂｏｅｄｉｊｎ）属牛肝菌目小牛肝菌科（Ｂｏｌｅｔｉｎｅｌ－１．２．１基因组ＤＮＡ的提取和检测使用ＯＭＥＧＡｌａｃｅａｅ），主要分布于泛热带地区，包括国内的云南、公司的植物基因组ＤＮＡ提取试剂盒提取样品总四川、广西、海南等地，国外的泰国、斯里兰卡、越南

5、、ＤＮＡ。电泳检测基因组ＤＮＡ的提取情况：将提取印度尼西亚、澳大利亚、新西兰、非洲、墨西哥等的ＤＮＡ样品与１０×ＬｏａｄｉｎｇＢｕｆｆｅｒ（已加溴酚蓝）按１０∶１混合，上样于１％的琼脂糖凝胶，于１５０Ｖ第一作者简介：曹旸（１９８３－），女，云南西双版纳人，博士，助理电压下电泳１０ｍｉｎ，并于紫外灯下检测。研究员，现主要从事食用菌学等研究工作。Ｅ－ｍａｉｌ：ｃａｏｙ－［１５］１．２．２ＰＣＲ扩增反应按照已公开专利中描述ａｎｇ８３５２＠１６３．ｃｏｍ．的１５对暗褐网柄牛肝菌ＳＳＲ引物序列，委托昆明驰基金项目：国家自然科学地区基金资助项目（３１５６０００８）；云南擎生物科技有限公司进行

6、引物合成，并在正向引物省科研院所技术开发专项资助项目（２０１５ＤＣ０１４）；中国科学上加上ＦＡＭ荧光标记。ＰＣＲ扩增反应体系５０μＬ，包院“西部之光”人才培养资助项目（３２６）；景洪市科技三项费资括：５０ｎｇ·μＬ－１的模板１μＬ；２５ｍｍｏｌ·Ｌ－１的ＭｇＣｌ助项目（２０１３－４６）。２收稿日期：２０１６－１２－１２５μＬ；１０ｍｍｏｌ·Ｌ－１的ｄＮＴＰｓ１μＬ；６μｍｏｌ·Ｌ－１的１１１·生物技术·北方园艺２０１７（０８）：１１１～１１４［１７］２表１试验材料及来源ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃｏｎｔｅｎｔ）按公式ＰＩＣ＝１－Σｆｉ计算，Ｔａｂｌｅ１Ｍａｔｅｒｉａｌｓａｎｄｔｈｅｉ

7、ｒｏｒｉｇｉｎｓｆｉ为第ｉ个等位基因的频率，当ＰＩＣ＜０．２５表示低样品编号来源度多态性，０．２５＜ＰＩＣ＜０．５０表示中度多态性，ＳａｍｐｌｅｎｕｍｂｅｒＯｒｉｇｉｎＰＩＣ＞０．５０为高度多态性。１３０１３野生子实体，采自云南省西双版纳州勐海县打洛镇１５０１２菌丝体，分离自柚子试验地子实体（接种１３０１３，当年出菇）１．４数据分析１５０１２－１６１菌丝体，分离自人工菇房１５０１２子实体对于ＡＢＩ３７３０测序仪下机数据，使用软件Ｇｅｎｅ１５０１３－１菌丝体，分离自柚子试验地子实体