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1、122中国真菌学杂志2011年4月第6卷第2期ChinJMyco,lApril2011,Vol6,No.2综述rDNA-ITS序列鉴定深部真菌菌种的研究进展仇萌邹先彪(解放军总医院第一附属医院皮肤科,北京100048)摘要目前深部真菌病的发生率呈逐渐上升趋势,有关深部真菌菌种的鉴定成为研究热点。由于传统的菌种鉴定方法存在费时及易受实验条件影响等不足,核糖体rDNA-ITS序列分析法已越来越广泛的应用于真菌属内不同种间的系统发育研究中。本文综述了核糖体rDNA-ITS鉴定深部真菌菌种的研究进展,展望了其应用前景。关键
2、词ITS区;鉴定;深部真菌中图分类号R446.53文献标识码B文章编号1673-3827(2011)02-0122-04近年来,随着医学技术的飞跃发展,抗生素、免reactions,PCR)、限制性片段长度多态性分析(re-疫抑制剂、皮质类固醇激素在临床得以广泛应用,strictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)、分子介入治疗、器官移植、导管插管等技术普遍开展,又杂交及随机扩增多态性分析DNA(randomamplif-i[2]因免疫障碍和艾滋病的流行,深部真菌感染呈持
3、续cationofpolymorphicDNA,RADP)等。目前,这上升趋势,且预后较差,病死率高。引起深部真菌些分子生物学检测方法多聚焦于对rDNA的内部感染的真菌种类很多,临床常见的有念珠菌、隐球转录间隔区(internaltranscribedspacer,ITS)序列菌、曲霉菌、毛霉菌、青霉菌、孢子丝菌等。有报道,分析的研究,主要是由于该区域可从不太长的核酸念珠菌属的感染在获得性血液感染中已经占第4序列中获得相对足够的信息用来研究深部真菌种[3]位,是院内真菌感染的78.3%。近年来,曲霉菌感间及部分种内群体的关系。本文对真菌基
4、因组[1]染已经上升到了深部真菌感染的第2位。深部rDNA的ITS序列在深部真菌鉴定方面的研究现状真菌感染的诊断一直是临床微生物实验室的主要作一简要概述。难题,其早期诊断对深部真菌感染的临床结果有着1rDNA-ITS的结构及其特点重大影响,在越来越多的耐药菌株出现后,菌种鉴别的重要性已不容忽视。传统的真菌分类方法主构成真核生物核糖体的rRNA由rDNA编码,要根据真菌的形态学、生理生化特点及生理生化指rDNA是基因组DNA中的中等重复、串联排列、并[4]标来来进行分析,但由于某些真菌属、种之间的形有转录活性的基因家族。rDNA一般由转录
5、区和非转录区构成。转录区包括5S、5.8S、18S和28S态学或生理生化差异极不显著,且真菌的培养和检rDNA,其中18S、5.8S和28SrDNA基因组成一个出需要特殊培养条件和方法以及多数真菌的生长转录单元,产生一个前体RNA。内转录间隔区缓慢等特点的影响,给真菌鉴定工作带来困难。随ITS1(internaltranscribedspacer1)位于18S和5.8S着1953年DNA双螺旋结构的提出,分子生物学检rDNA之间,内转录间隔区ITS2位于5.8S和28S测手段被发现在真菌快速检测和鉴定方面有巨大rDNA之间,ITS1和IT
6、S2合称为ITS。在染色体上的潜能,包括多聚酶链式反应(polymerasechainITS可被转录,分开这些重复序列的DNA片段称为非转录区(nontranscribedspacers,NTS),在18SrD-作者简介:仇萌,女(汉族),本科,主治医师.E-mai:lnie8384@sina.NA基因上游和28SrDNA基因下游的小片段称外com通讯作者:邹先彪,E-mai:lxbzou@126.com转录间隔区ETS(externaltranscribedspace),NTS中国真菌学杂志2011年4月第6卷第2期ChinJMyc
7、o,lApril2011,Vol6,No.2123和ETS一起组成基因间隔区(internalgenespac-广泛地应用于真菌属内不同种间或近似属间的系[5,6]ers,IGS),在转录时有启动和识别作用。ITS和统发育研究中。其中研究最多的是念珠菌属和曲[12]ETS包含有rDNA前体加工的信息,在rRNA成熟霉属。Bobby等使用焦磷酸测序技术(pyrose-过程中有着相当重要的作用。真菌rDNA基因组quencingstrategy)对60株念珠菌属菌株进行ITS2内有60~200个拷贝,其中ITS区域长度一般在序列扩增后进
8、行菌种鉴定,结果C.albicans,C.650~750bp之间。dubliniensis,C.glabrata,C.guilliermondii,C.krusei,C.lusitaniae,
