猪和鸡戊型肝炎病毒基因重组分析

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1、２０１６（０５上）：３０－３２，２７９－２８０猪和鸡戊型肝炎病毒基因重组分析１２１１１１张跃，马春丽，王芬，黄宇辰，王典，马德星（１．东北农业大学动物医学学院，哈尔滨１５００３０；２．东北农业大学食品学院，哈尔滨１５００３０）中图分类号：Ｓ８５５．３；Ｑ７８４文献标识码：Ａ文章编号：１００４－７０３４（２０１６）０５－００３０－０５关键词：猪；鸡；戊型肝炎病毒；基因；重组分析摘要：鸡戊型肝炎病毒（ａｖｉａｎＨｅｐａｔｉｔｉｓＥｖｉｒｕｓ，ａＨＥＶ）衣壳蛋白的抗血清可以与猪戊型肝炎病毒（ｓｗｉｎｅＨｅｐａｔｉ

2、ｔｉｓＥｖｉｒｕｓ，ｓＨＥＶ）的衣壳蛋白发生交叉反应，提示上述两种病原之间存在某种相关性。为了研究ｓＨＥＶ和ａＨＥＶ之间是否存在基因重组现象，试验应用生物信息学方法对ｓＨＥＶ和ａＨＥＶ的重组进行了系统分析，共收集了具有代表性的６１条ｓＨＥＶｓ全基因组序列，１１条ａＨＥＶｓ全基因组序列，应用ＲＤＰ４．２４和ＳｉｍＰｌｏｔ３．５．１生物学软件对重组事件进行了分析。结果表明：ａＨＥＶ与ｓＨＥＶ之间没有发现明确的重组信号，但ｓＨＥＶ间存在两个重组信号，分别存在于ＤＱ４５００７２毒株的１９９３～２７２４位核苷酸碱基和

3、４７４５～５７５４位核苷酸碱基区间内。说明ａＨＥＶ与ｓＨＥＶ之间不存在重组现象。ＡｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｅｔｉｃｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｉｎｓｗｉｎｅａｎｄａｖｉａｎＨｅｐａｔｉｔｉｓＥｖｉｒｕｓｅｓ１２１１１１ＺＨＡＮＧＹｕｅ，ＭＡＣｈｕｎｌｉ，ＷＡＮＧＦｅｎ，ＨＵＡＮＧＹｕｃｈｅｎ，ＷＡＮＧＤｉａｎ，ＭＡＤｅｘｉｎｇ（１．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＭｅｄｉｃｉｎｅ，ＮｏｒｔｈｅａｓｔＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｒｂｉｎ１５００３０，Ｃｈｉｎａ；２．Ｃｏｌｌｅｇｅｏｆ

4、Ｆｏｏｄ，ＮｏｒｔｈｅａｓｔＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｒｂｉｎ１５００３０，Ｃｈｉｎａ）Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｓｗｉｎｅ；ａｖｉａｎ；ＨｅｐａｔｉｔｉｓＥｖｉｒｕｓ（ＨＥＶ）；ｇｅｎｅ；ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎａｎａｌｙｓｉｓＡｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｅａｎｔｉｓｅｒｕｍａｇａｉｎｓｔｔｈｅｃａｐｓｉｄｐｒｏｔｅｉｎｏｆａｖｉａｎＨｅｐａｔｉｔｉｓＥｖｉｒｕｓ（ａＨＥＶ）ｃｏｕｌｄｃｒｏｓｓｒｅａｃｔｗｉｔｈｔｈｅｃａｐｓｉｄｐｒｏｔｅｉｎｏｆｓｗｉｎｅＨｅｐａｔｉｔｉｓＥｖｉｒｕｓ（ｓ

5、ＨＥＶ），ｓｕｇｇｅｓｔｉｎｇｔｈａｔｔｈｅｒｅｗａｓｓｏｍｅｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｔｗｏｐａｔｈｏｇｅｎｓ．ＴｏｓｔｕｄｙｗｈｅｔｈｅｒｔｈｅｒｅｗａｓｇｅｎｅｔｉｃｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎｂｅｔｗｅｅｎｓＨＥＶａｎｄａＨＥＶ，ａｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｍｅｔｈｏｄｗａｓｕｓｅｄｆｏｒｓｙｓｔｅｍａｔｉｃａｌａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｂｅｔｗｅｅｎｓＨＥＶｓａｎｄａＨＥＶｓ，６１ｃｏｍｐｌｅｔｅｇｅｎｏｍｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｒｅｐｒ

6、ｅｓｅｎｔａｔｉｖｅｓＨＥＶｓｔｒａｉｎｓａｎｄ１１ｃｏｍｐｌｅｔｅｇｅｎｏｍｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｖｅａＨＥＶｓｔｒａｉｎｓｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔｅｄ，ａｎｄｔｈｅｎｔｈｅｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｅｖｅｎｔｓｗｅｒｅａｎａｌｙｚｅｄｕｓｉｎｇＲＤＰ４．２４ａｎｄＳｉｍＰｌｏｔ３．５．１ｂｉｏｌｏｇｙｓｏｆｔｗａｒｅｓ．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｎｏｃｌｅａｒｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓｉｇｎａｌｗａｓｏｂｓｅｒｖｅｄｂｅｔｗｅｅｎａＨＥＶｓａｎｄｓＨＥＶｓ，ｂｕｔｔ

7、ｈｅｒｅｗｅｒｅｔｗｏｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｓｉｇｎａｌｓｂｅｔｗｅｅｎｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｂａｓｅａｔ１９９３ｔｏ２７２４ｎｔａｎｄ４７４５ｔｏ５７５４ｎｔｉｎｔｈｅｓＨＥＶｓｔｒａｉｎＤＱ４５００７２．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｉｎｄｉｃａｔｅｔｈａｔｔｈｅｒｅｉｓｎｏｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎｂｅｔｗｅｅｎａＨＥＶｓａｎｄｓＨＥＶｓ．［３］戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）属肝炎病毒科，是一种无Ｈｅｐａｔｉｔｉｓｖｉｒｕｓ，ｓＨＥＶ）核衣壳蛋白发生交叉反应，包膜的正链ＲＮＡ病毒，其基因组大小约为

8、７．２ｋｂ，包但关于ａＨＥＶ是否可以感染人和家畜迄今尚无确切含３个互相重叠的开放阅读框（ＯＲＦ１、ＯＲＦ２、ＯＲＦ３），结论。为进一步探索ａＨＥＶ和ｓＨＥＶ之间的相关性，［１］主要通过粪—口途径在易感宿主间传播。戊型肝试验从生物信息学角度着手，收集已公布且具有代表炎病毒主要分为５个基因型，Ⅰ型和Ⅱ型仅发现于人性的ａＨＥＶ和ｓＨＥＶ全基因组序列，并对ａＨＥＶ、类，Ⅲ型和Ⅳ型为人和家畜共患，Ⅴ型仅发现于禽ｓＨＥＶ、ｓ