its序列分析在真菌分类鉴定和分子检测中的应用

《its序列分析在真菌分类鉴定和分子检测中的应用》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、万方数据畜牧与饲料科学—A—～nimal．H+。——u—s——ba．．．—r，u．．．t．r．—y——a——n．．，d．．—．．．F．—e—e—d—S．．．c．．—ie—w————e2009。30(I)：52—53==二———～一一ITS序列分析在真菌分类鉴定和分子检测中的应用白树猛．田黎(青岛科技大学生物系，山东青岛266042)摘要：笔者介绍了ITS序列结构特点，综述了ITS序列在植物病原真菌分类鉴定和分子检测中的应用，并对其应用前景进行了展望。关键词：ITS：分类鉴定：分子检测中图分类号：Q949．32；Q522．6文献标识码：A文章顺序编号：1672—5190(2009)01-0

2、052—02ApplicationofITSSequencesinClassificationandIdentificationandMolecularTestofFungiBAIShu—meng．etal(BiologyDepartment，QingdaoUniversityofScience&Technology，Qingdao266042．China)Abstract：ThepaperintrmtucedI"ISsequencestructuralcharacteristic，summarizedtheapplicationofITSsequencesintheidentifica

3、—tionandmoleculartestofplantpathogenicfungus．Anditsappliedprospectwasputforward．Keywords：I"IS；classificationandidenti6catjon：moleculartest真菌核糖体基冈转录间隔Ⅸ(intemaltranscribedspacerI幅)，又叫内转录间隔区，是位于真菌核糖体DNA(rDNA)上18S和28S基因之间的区域片段．主要包括内转录间隔区1(ITSl)、5．8SrDNA、内转录问隔区2(ITS2)，其两侧分别是18SRNA基因和28SRNA基因。虽然ITSl和IT

4、S2是核糖体转录单位中的一部分．但这些序列并不转录成RNA，它们只是在核糖体RNA成熟过程中起着重要作用⋯。rDNA在种内由于基冈的流动而经常表现_}I{很高的同源性，在种间则保持着各种程度的变异。变异的多少能够反映生物进化上属内种间亲缘关系的远近。最常见的变异是ITS上的单个碱基的替换，其次是碱基的插入或缺失。与核糖体DNA中的18S、5．8S和28S的基闲组序列相比较．ITSl和ITS2作为非编码区。承受的进化选择慷力较小．相对变化较大。在种间表现出较高的差异，可以为研究真菌的分类鉴定和分子检测提供丰富的遗传信息。Gonzalea于1990年提出利用ITS作为全新的分子标记．由于该分

5、子标记技术具有快速、准确、微量、灵敏度高、程序简啦等优点，现已广泛应用于真菌的分类鉴定、检测和病害诊断抽2。1ITS在真菌分类、鉴定方面的应用自White等1990年首先设计ITS引物对真菌核内核糖体RNA基阗进行扩增以来．ITS序列分析技术在真菌分类、鉴定的研究中应用越来越广泛^。传统真菌的分类、鉴定主要足基收稿日期：2008—09—19作者简介：白树猛(1983一)，男，硕士，主要研究方向为海洋微生物学。于营养体和子实体的形态学特征并结合其生理生化性状的描述。但是真菌形态特征容易受到培养条件和其他因素的影响．而且许多子实体类型经常难以获得，传统的分类方法不能满足某些菌种的分类要求。由

6、于ITS的序列分析能实质性地反映出属间、种问以及菌株间的碱基对差异。此外ITS序列片段较小。人们可以从不太长的序列中获得足够的信息，易于分析。目前已被广泛应用于真菌属内不同种间或近似属间的系统发育研究中跚。唐建辉等6根据核糖体转录间隔区ITS的通用引物(ITSI／1TS4)，扩增两瓜炭疽病菌的ITS区段，并将其序列和GeneBank中登录的炭疽属24个种的I'IS序列进行比较。分别建立ITSl、ITS2聚类分析阁，探讨炭疽属的系统发育情况。陈玉玺17j等探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。通过对分离到的镰刀菌菌株进行ITS序列测定，采用邻接法构建相关菌株的ITS序列系统发育树．结果表明，各分

7、支内序列相似性较高．而不

8、H1分支间菌株序列相似性较低。陈水青8一等采用随机扩增多态性DNA技术和核糖体ITS序列分析，对22种拟茎点霉共34个菌株进行了系统发育研究．结果表明．两种技术用于拟茎点霉的亲缘关系分析和种类鉴定是可行的。杨雅云，等对马铃薯及番茄晚疫病菌的核糖体DNA的ITS区段序列分析表明．相似的序列使得生物学特性也很相似，从而确定它们的亲缘关系也就近。Karen锋‘0对17属44种外生菌根菌rDNA上的ITS多样性进行