资源描述：
《川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。
1、川芎简单序列重复间区多态性和扩增片段长度多态性分子标记技术多态性比较研究作者：陈要臻，王岚，马逾英，张正银，樊哲仁，唐琳【摘要】 目的寻找川芎的高效分子标记。方法以四川崇州都江堰、新都3个产地的川芎为材料，应用100条简单序列重复间区多态性（ISSR）引物、64对扩增片段长度多态性（AFLP）引物对30个川芎个体进行多态性筛选。结果筛选到简单序列重复间区多态性特异性引物共10条，扩增片段长度多态性特异性引物共6对；分别扩增出106和256条条带，多态条带百分率分别为22.64%和22.27%。平均标记指数A
2、FLP的检测效率(1.78)明显高于ISSR(0.42)。两种标记基于遗传相似值聚类分析结果存在着一定的差异,但用Mantel测试对两种方法检测的遗传一致度进行相关性分析表明,它们之间存在着显著的相关性(r=0.6975，p=0.014)。结论川芎具有较低的遗传多样性，AFLP更有效于ISSR。【关键词】川芎简单序列重复间区多态性扩增片段长度多态性 川芎LigusticumchuanxiongHort.为伞形科藁本属的多年生植物，是著名传统中药材。以根茎供药用，具有活血行气，祛风止痛的功效，用于月经不调、经
3、闭痛经、癥瘕腹痛、胸肋刺痛、头痛、风湿痹痛等［1］。在中国普遍分布在四川、江西、云南、吉林、甘肃、贵州、江苏等省。四川为川芎道地产区［2］，川芎已有一千五百多年栽种的历史。长期的自然选择和人工选择使不同产地的川芎从外部形态到有效成分的组成及含量上均存在一定差异［3］。但目前有关川芎的研究大多集中在药用成分分析，药理作用等方面［3，4］，遗传多样性研究几乎是空白。因此，寻找高效率鉴定川芎不同种质资源的有效分子标记技术方法具有重要意义。 简单序列重复间区多态性(ISSR)和扩增片段长度多态性(AFLP)这两种分
4、子标记方法已在遗传群体结构分析、亲缘关系分析以及基因图谱构建等方面得到了应用［5～8］。ISSR与AFLP标记均具有无需预先知道受试基因组DNA序列,DNA用量少,灵敏度高,对反应条件不敏感,重复性好,能提供丰富的关于基因组的信息等优点,一般而言,AFLP具有更高的灵敏度,能检测出更高的遗传多样性,但所需仪器和药品价格昂贵,实验成本高,检测过程繁琐；ISSR分子标记技术具有操作简单、实验成本低的优点，但灵敏度不高。选择合适的分子标记对能否客观反映研究对象的状况具有重要的影响［9］。本研究对ISSR和AFLP两
5、种分子标记方法进行了比较研究,旨在寻找适合川芎的高效分子标记,以期为川芎的真伪辨别、遗传育种及种质资源的保护和合理利用提供科学依据。 1材料 30个川芎样品采自四川崇州(编号1～10)、都江堰(编号11～20)、新都(编号21～30)，每样株间隔距离至少5m以上，每株采集的叶片迅速装入自封袋中用硅胶干燥保存，并尽快进行总基因组DNA的提取。 2方法 2.1基因组DNA的提取采用CTAB,并进行改良［10］。1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA质量，紫外分光光度仪测定DNA浓度。 2.2ISSR扩增及检测IS
6、SR引物(UBCsetNo.9)由加拿大哥伦比亚大学提供。从100条引物筛选出扩增条带清晰、重复性较好的引物用于PCR扩增。ISSR反应体系为25μl,包括2μlDNA模板(25ng/μl)、0.5μl引物(1mmol/L)、5μldNTP(1mmol/L)、2μl10×PCRbuffer，1UrTaqDNA聚合酶和14.5μlddH2O。dNTP，rTaqDNA聚合酶均购自TaKaRa公司;扩增反应在PTC100TM(ProgrammableThermalCon2troller,MJResearchInc,
7、美国)PCR扩增仪上进行;PCR反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性30s，48～52℃退火45s，72℃延伸2min,共计45个循环;72℃延伸7min;4℃10min终止反应;扩增反应结束后,用2%琼脂糖凝胶电泳(1×TAE),电压80V,电泳时间30min,然后用EB染色,凝胶成像系统照相,观察扩增结果。 2.3AFLP扩增及检测接头与引物按照 4.2遗传距离及聚类由ISSR和AFLP分析都得到崇州和都江堰的遗传距离比较小，说明这两个地方的川芎亲缘关系比较近。利用Mantel检测相关性，也揭
8、示出两种标记分析所得的遗传一致度具有显著的相关性。而且30个个体的聚类分析得到ISSR和AFLP标记的聚类图形状也较为相似。因此ISSR与AFLP两种标记均能检测出川芎遗传多样性,而且二者的分析结果相互印证。同时两种标记分析结果也存在着一定的差异,在AFLP聚类中,来自崇州的10个个体没有聚在一起而ISSR标记的聚类图它们聚在了一起。产生这种差异的原因可能为：①两种标记生物学基础不同,ISSR标记是
