基于rna-seq技术的宫颈癌与癌旁组织差异表达基因分析

《基于rna-seq技术的宫颈癌与癌旁组织差异表达基因分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在工程资料-天天文库。

1、基于RNA-seq技术的宫颈癌与癌旁组织差异表达基因分析张志珊蒋燕成陈紫萱陈婉花李爱禄李纯孝福建医科大学附属泉州第一医院摘要：目的探讨宫颈癌的发病机制。方法应用RNA-seq技术分析3对宫颈癌及癌旁组织转录组，利用生物信息方法对差异基因进行基因本体(GO)分析和通路富集性分析。结果在宫颈癌组织中发现1755个差界表达基因，其中758个基因表达上调，997个基因表达下调。功能富集分析表明，差异基因富集于细胞粘附、DNA损伤有关的信号通路上。且宫颈癌组织中发现RAB22A-BCAS1等融合基因。结论细胞粘附信号通路、RA

2、B22A-BCAS1融合基因可能与宫颈癌的发生机制有关。关键词：宫颈癌;RNA-seq;转录组;差异表达基因;融合基因;收稿日期：2017-06-22基金：福建省自然科学基金(编号:2014J01436)AnalysisofDifferentlyExpressedGenesofTumorandAdjacentNon一tumorTissuesfromPatientswithCervicalCancerbyRNASequencingZHANGZhishanJIANGYanchengCHENZixuanQuanzhouFi

3、rstHospital,FujianMedicalUniversity;Abstract：ObjectiveToexplorethepossiblepathogenesyofcervicalcancer.MethodsRNAsequencingwasperformedtoscreenthedifferentlyexpressedgenesof3pairsofcervicalcarcinomaandmatchedadjacentnon-tirniortissues.Thedifferentlyexpressedgene

4、swereidentifiedwithgeneontology(GO)analysisandpathwaycnrichmentemalysis.RcsuItsTherewereatotalof1755clifferentlyexpressedgenesinthesamples,including758up-regulatedgenesand997down-regulatedgenes.Thesedifferentlyexpressedgeneswereenrichedinpathwayrelatedtocelladh

5、esionandDNAdamage.Moreover,RAB22A-BCAS1fusiongenewasfoundincervicalceincertissues.ConclusionThepathwayofcelladhesionandRAB22A-BCAS1fusiongenemayberelatedtothetumorigenesisanddevelopmentofcervicalcancer.Keyword：Cervicalcareinoma;RNA-seq;Transcriptome;Differently

6、expressedgene;Fusiongene;Received：2017-06-22宫颈癌是女性最常见的恶性肿瘤之一，人乳头状瘤病毒(HPV)的感染是引起宫颈癌的重要因素，但并非所有感染HPV的患者都会发展为宫颈癌，只有HPV持续感染导致细胞的基因组异常才最终导致宫颈癌的发生。本研究拟收集福建医科大学附属泉州第一医院妇科就诊的宫颈癌患者3例，釆用RNA-Seq技术分析宫颈癌组织与癌旁组织的转录组，筛选出差异表达基因，进而分析差异表达基因所涉及的信号通路以及融合基因表达，有利于阐明宫颈癌的发病机制，寻找宫颈癌特异的

7、分子标志物，同时也为基因药物的开发提供候选的药物作用靶点。1材料与方法1.1研究对象收集福建医科大学附属泉州第一医院妇科就诊的宫颈癌患者3例，术前经未经放化疗及药物治疗，经病理组织学确诊为宫颈癌IIB期，同时取癌组织和癌旁组织(距离宫颈癌癌灶边缘＞3cm),置于RNA保存液中-80°C保存。1.2RNA提取及质检3对癌组织及癌旁组织分别用QIAGEN微量RNA提取试剂盒按操作说明书提取RNA。琼脂糖凝胶电泳分析RNA的纯度和完整性，Nanodrop检测RNA的纯度(0D260/280比值),Qubit2.0对RNA浓

8、度进行精确定量,Agilent2100精确检测RNA的完整性。1.3文库构建及测序用带有Oligo(dT)的磁珠富集真核生物mRNA,加入fragmentationbuffer将mRTA打断成短片段，以mR-NA为模板，用六碱基随机引物(randomhexamers)合成一链cDNA,加入缓冲液、dNTPs和DMApolymeraseI和RNa