4种不同土壤微生物dna提取方法对dgge分析微生物群落的影响

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1、福建农业学报２７（４）：３６７～３７２，２０１２文章编号：１００８－０３８４（２０１２）０４－３６７－０６ＦｕｊｉａｎＪｏｕｒｎａｌｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ吕新，陈丽华，李玥仁．４种不同土壤微生物ＤＮＡ提取方法对ＤＧＧＥ分析微生物群落的影响［Ｊ］．福建农业学报，２０１２，２７（４）：３６７－３７２．ＬＸ，ＣＨＥＮＬ－Ｈ，ＬＩＹ－Ｒ．ＥｆｆｅｃｔｏｆＤＮＡＥｘｔｒａｃｔｉｏｎｏｎＤＧＧＥＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＭｉｃｒｏｂｉａｌＣｏｍｍｕｎｉｔｙｉｎＳｏｉｌ［Ｊ］．ＦｕｊｉａｎＪｏｕｒｎａｌｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，２０１

2、２，２７（４）：３６７－３７２．４种不同土壤微生物ＤＮＡ提取方法对ＤＧＧＥ分析微生物群落的影响吕新１，２，陈丽华１，２，李玥仁１，２（１．福建省农业科学院中心实验室，福建福州３５０００３；２．精密仪器农业测试重点公共实验室，福建福州３５０００３）摘要：分别应用高盐法、玻璃珠破碎法、冻融法和试剂盒法４种不同土壤微生物ＤＮＡ提取方法提取水稻稻田土壤微生物ＤＮＡ，并通过细菌１６ＳｒＲＮＡＶ３区通用引物ＧＣ３３８ｆ－５３０Ｒ和真菌１８ＳｒＲＮＡ特异性引物ＮＳ１－ＧＣＦｕｎｇ进行ＰＣＲ扩增结合变性梯度凝胶电泳（ＣＧＧＥ）分析，对４种ＤＮＡ提取方法进行评价。结果表明，玻

3、璃珠破碎法和试剂盒法提取的ＤＮＡ均能满足土壤微生物多样性分析的要求；其中试剂盒方法操作简单，提取的ＤＮＡ质量较高，但ＤＮＡ产量较低且成本昂贵；玻璃珠破碎法用时较长，步骤繁琐，ＤＮＡ产量较高，纯度较低，但对后续ＰＣＲ扩增和ＤＧＧＥ分析没有明显影响，且成本低廉。关键词：土壤微生物；ＤＮＡ提取；变性梯度凝胶电泳中图分类号：Ｓ１５４．３６文献标识码：ＡＥｆｆｅｃｔｏｆＤＮＡＥｘｔｒａｃｔｉｏｎｏｎＤＧＧＥＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＭｉｃｒｏｂｉａｌＣｏｍｍｕｎｉｔｙｉｎＳｏｉｌ１，２，ＣＨＥＮＬｉ－ｈｕａ１，２，ＬＩＹｕｅ－ｒｅｎ１，２ＬＸｉｎ（１．ＣｅｎｔｒａｌＬａｂ

4、ｏｒａｔｏｒｙ，ＦｕｊｉａｎＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅ，Ｆｕｚｈｏｕ，Ｆｕｊｉａｎ３５０００３，Ｃｈｉｎａ；２．ＫｅｙＰｕｂｌｉｃＰｒｅｃｉｓｉｏｎＴｅｓｔｉｎｇＬａｂｏｒａｔｏｒｙｆｏｒＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｆｕｚｈｏｕ，Ｆｕｊｉａｎ３５０００３，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＴｈｅＺｈｏｕ，Ｍａｒｔｉｎ，ＢｏｕｒｒａｉｎａｎｄＫｉｔｍｅｔｈｏｄｓｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏｅｘｔｒａｃｔｍｉｃｒｏｂｉａｌＤＮＡｉｎｐａｄｄｙｓｏｉｌ．Ｔｈｅｙｗｅｒｅｅｖａｌｕａｔｅｄｂａｓｅｄｏｎｔｈｅａｍｐｌｉｆｉｃａ

5、ｔｉｏｎｏｆｂａｃｔｅｒｉａｌ１６ＳｒＲＮＡＶ３ｖａｒｉａｂｌｅｒｅｇｉｏｎａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙｔｈｅｐｒｉｍｅｒｐａｉｒＧＣ３３８ｆ－５３０Ｒａｎｄｔｈｅｆｕｎｇａｌ１８ＳｒＲＮＡｒｅｇｉｏｎａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙｔｈｅｐｒｉｍｅｒｐａｉｒＮＳ１－ＧＣＦｕｎｇａｎｄｔｈｅｓｕｂｓｅｑｕｅｎｔＤＧＧＥａｎａｌｙｓｉｓｏｆａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｒｏｄｕｃｔｓ．ＴｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅＭａｒｔｉｎａｎｄｔｈｅＫｉｔｍｅｔｈｏｄｓｓａｔｉｓｆｉｅｄｔｈｅａｎａｌｙｔｉｃａｌｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓｏｆｓｏｉｌｍｉｃｒｏｂｉａｌｄｉｖｅｒｓｉｔ

6、ｙ．ＴｈｅＫｉｔｍｅｔｈｏｄｗａｓｓｉｍｐｌｅｒａｎｄｆａｓｔｅｒ，ａｎｄｔｈｅｑｕａｌｉｔｙｏｆｉｔｓｅｘｔｒａｃｔｅｄＤＮＡｈｉｇｈｅｒ，ｂｕｔｔｈｅｙｉｅｌｄａｎｄｐｕｒｉｔｙｏｆＤＮＡｅｘｔｒａｃｔｅｄｗｅｒｅｌｏｗｅｒａｎｄｔｈｅｃｏｓｔｇｒｅａｔｅｒｔｈａｎｔｈｅＭａｒｔｉｎｍｅｔｈｏｄ．Ｈｏｗｅｖｅｒ，ｔｈｅｄｅｆｉｃｉｅｎｃｉｅｓｄｉｄｎｏｔａｐｐｅａｒｔｏｉｍｐｏｓｅｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｎｅｇａｔｉｖｅｅｆｆｅｃｔｏｎｔｈｅＰＣＲａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄＤＧＧＥａｎａｌｙｓｉｓｔｈａｔｆｏｌｌｏｗｅｄ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｓｏｉｌｍ

7、ｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ；ＤＮＡｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ；ＤＧＧＥ［２］由于土壤环境中只有极少部分（０．１％～１％）究。由于土壤环境中样品含有非常复杂的成［３］微生物能够被分离培养和纯化，通过传统的微生物分，微生物种类繁多尤其是在ＤＮＡ提取过程中培养分离方法很难获得土壤环境中微生物群落多样蛋白质、腐殖酸类物质的残留，可能严重抑制［１］性的真实情况。２０世纪８０年代以来，随着现代ＰＣＲ中的ＴａｑＤＮＡ聚合酶的活性、干扰限制性内微生物分子生态学研究方法如ＰＣＲ－ＤＧＧＥ、ＲＦＬＰ切酶酶切反应等后续实验操作。因此，国内外研究的成熟完善，使得研究者可以避开传统分离培养

8、方者对土壤微生物ＤＮＡ提取和纯化进行了大量研法，直接